canvasXpress—动态图首选

我就在这里，不离不弃

——A·May

R-82T-101

我是canvasXpress

May2018年2月23日

  前几天在R中文社区看见的关于动态图的制作的canvasXpress包，可以说是一见钟情，这个包的优秀之处不用我多言，不用和shiny一样复杂的编码，就可以制作出相应的动态图。本人也尝试了下shiny包，发现，学起来还是在server的编码处有问题，所以，想转过头来学下这个包，不过遗憾的是并没有发现全中文的教学，比较好一点的还是’宏基因组’中刘永鑫老师在R中文社区的一篇文。总而言之，想要学习这个canvasXpress包，就要自己慢慢挖掘了。

  引用刘永鑫老师的话：“CanvasXpress核心是一个Java语言编写的库，主要用于可重复 研究。在R中可以安装canvasXpress包，使用canvasXpress命令绘制各种各样的交互式图形，非常高效方便，实现如下数百种图形，令你的结果瞬间B格爆满。”

1.首次安装canvaxXpress

2.canvasXpress的帮助文件

2.1帮助文件

2.2 翻译内容仅供参考

3.canvasXpress的示例

  canvasXpress包有一个官网，网址为https://canvasxpress.org/html/index.html， 复制网址用浏览器打开，或者百度搜索canvasXpress，手机打开的效果可能不会太好。官网首页的图，建议大家用chrome浏览器打开，里面的翻译成中文功能，还可以将动态图中的英文翻译为中文哦！

4. 比对示例研究参数

4.1 示例3D的散点图

  处于分析的需要，我就不运行下面的示例，大家可以自己在Rstudio中运行。

y

quote="", row.names=1, fill=TRUE, check.names=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)

# 读取分组信息

z

quote="", row.names=1, fill=TRUE, check.names=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)

# 绘制三维散点图，主要参数为数据、分组、分组列、置信椭圆列、图表类型以及相关标签

canvasXpress(data = y,

varAnnot = z,

colorBy = "Species",

ellipseBy = "Species",

graphType = "Scatter3D",

title = "Iris Data Set",

xAxis = list("Sepal.Length"),

yAxis = list("Petal.Width"),

zAxis = list("Petal.Length"))

4.2 示例3D的散点图的分析

4.3 用鸢尾花数据做图

4.3.1 普通三维散点图

经过反复的实验，这里应注意这三个问题

data和var的数据格式问题。这个问题非常要命，如果你按照下面的编码写，m_data和m_varAnnot的格式虽然是数据框，但是实际上，data和m_varAnnot根本就匹配不到一起，这也是在官网案例中分开读取的必要性，所以这里必须保持数据的一致性。所以上面处理的时候用的是将两个数据都转为矩阵。

三维散点图的x/y/z轴只能展示三个变量，如果有4个变量，那么就取前三个变量

颜色标度一定要注意：colorBy=“Species”可以分出三组点，每组点不同颜色；colorBy=iris$Species和colorBy=m_varAnnot不能够分成三组，只是每个点一个颜色；不写颜色标度时，不能区分出颜色；

4.3.1 普通二维散点图

  在这个图中，我并没有加入分组变量varannot，所以我也不用将数据转为矩阵的格式，直接作出散点图。

还有很多参数需要学习，明天见！

参考阅读

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