序列分析软件USEARCH笔记1:入门和命令行

USEARCH

Usearch是什么?

这是一种超快的序列分析软件,在序列比对、聚类、操作等多领域广泛应用。在扩增子分析领域的OTU聚类最受欢迎。

Usearch有什么好处?

高速序列比对与聚类;比对速度是BLAST的10-1250倍,聚类速度是CD-HIT的1-1000倍

Usearch的算法是什么?

Usearch的强大不是因为它是一个软件,而更像一个平台,有上百种功能,核心功能有着绝对的核心竞争力。OTU聚类算法UPARSE就是其中之一。

从哪里可以下载?

此软件不允许私人转发他人使用,需要的小伙伴可以戳这个网址 → https://www.drive5.com/usearch/

------我是和usearch第一次见面的分割线------

在上面的网站里,打开Documentation,可以看到所有的命令都在里面

命令行

USEARCH command line:

相对应的:

:软件名

:输入命令(Commands)

:输入文件

:输出选项(Options)

: 值(value)

:输出选项(Options)

:输出文件名

注意

命令行通常只有一个输入命令(Commands),后面加 或 格式的文件。

命令行可以有很多个选项(Options),在连字符 之后。如果输出选项后面是一个值,那么必须空一格(即 ,不能写成 )

  • 发表于:
  • 原文链接http://kuaibao.qq.com/s/20180307G1JI5P00?refer=cp_1026
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