USEARCH
Usearch是什么?
这是一种超快的序列分析软件,在序列比对、聚类、操作等多领域广泛应用。在扩增子分析领域的OTU聚类最受欢迎。
Usearch有什么好处?
高速序列比对与聚类;比对速度是BLAST的10-1250倍,聚类速度是CD-HIT的1-1000倍
Usearch的算法是什么?
Usearch的强大不是因为它是一个软件,而更像一个平台,有上百种功能,核心功能有着绝对的核心竞争力。OTU聚类算法UPARSE就是其中之一。
从哪里可以下载?
此软件不允许私人转发他人使用,需要的小伙伴可以戳这个网址 → https://www.drive5.com/usearch/
------我是和usearch第一次见面的分割线------
在上面的网站里,打开Documentation,可以看到所有的命令都在里面
命令行
USEARCH command line:
相对应的:
:软件名
:输入命令(Commands)
:输入文件
:输出选项(Options)
: 值(value)
:输出选项(Options)
:输出文件名
注意
命令行通常只有一个输入命令(Commands),后面加 或 格式的文件。
命令行可以有很多个选项(Options),在连字符 之后。如果输出选项后面是一个值,那么必须空一格(即 ,不能写成 )
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