序列分析软件USEARCH笔记1：入门和命令行

USEARCH

Usearch是什么？

这是一种超快的序列分析软件，在序列比对、聚类、操作等多领域广泛应用。在扩增子分析领域的OTU聚类最受欢迎。

Usearch有什么好处？

高速序列比对与聚类；比对速度是BLAST的10-1250倍，聚类速度是CD-HIT的1-1000倍

Usearch的算法是什么？

Usearch的强大不是因为它是一个软件，而更像一个平台，有上百种功能，核心功能有着绝对的核心竞争力。OTU聚类算法UPARSE就是其中之一。

从哪里可以下载？

此软件不允许私人转发他人使用，需要的小伙伴可以戳这个网址 → https://www.drive5.com/usearch/

------我是和usearch第一次见面的分割线------

在上面的网站里，打开Documentation，可以看到所有的命令都在里面

命令行

USEARCH command line：

相对应的：

：软件名

：输入命令（Commands）

：输入文件

：输出选项（Options）

: 值（value）

：输出选项（Options）

：输出文件名

注意

命令行通常只有一个输入命令（Commands），后面加 或 格式的文件。

命令行可以有很多个选项（Options），在连字符 之后。如果输出选项后面是一个值，那么必须空一格（即 ，不能写成 ）