用集成了anaconda的docker快速布置生信分析平台

前言

众所周知，和是进行快速软件安装、平台布置的两大神器，通过它们，在终端前敲几个命令、点点鼠标，软件就装好了。出了问题也不会影响到系统配置，能够很轻松的还原和重建。

不过，虽说类似或者这样的分析平台能够很快地找到别人已经做好的镜像，但是总归有功能缺失，而且有时要让不同的镜像协同工作时，目录的映射，权限的设置会让经验的人犯晕。

本着不折腾不舒服的本人一惯风格，我自己写了一个dockerfile，集成了、、，可用于生信分析平台的快速布置，通过一些技巧，也可供linux初学者练习用

我的dockerfile地址

https://github.com/leoatchina/dockerfile_jupyter,觉得好给个star吧!

（PS: 小编我已经迫不及待的给出了第一个赞！）

安装,要先装好和

说明,这个镜像的名字是，你们可以改成其他自己喜欢的任何名字

我在这个dockerfile里主要做的工作

基于ubuntu16.04

安装了一堆编译、编辑、下载、搜索等用到的工具和库

安装了最新版,,

安装了部分工具

用启动后台web服务

集成以及,,

主要控制点

开放端口：

8888: for jupyter lab

7777: for jupyter notebook

8787: for rstudio server

3838: for shiny

访问密码：

见dockerfile里的

运行时可以修改

jupyter的主目录：

rstudio的主目录：

shinny的主目录：

VOLUME ["/home/rserver","/jupyter","/mnt","/disks","/oss","/data"]

运行

使用docker-compose

docker-compose -f /home/docker/compose/bioinfo/docker-compose.yml up -d

的内容，详细内容如下

会运行一个名为的，是由目录+镜像+数字组成

使用docker run命令

和docker-compose差不多的意义

运行后的调整

打开 ，修改下R的源，bioClite源

可能要运行下

shinny的运行目录是在

进入的用户名是

和,我玩的小花招

众所周知，bash/zsh在启动时，会加载用户目录下的进行一些系统变量的设置，同时又可以通过命令加载指定的配置，在我的做出来的镜像中，为了达到，在删除container时不删除安装的软件的目的，我做了如下source次序

root目录下的或者(在镜像里已经写入) ：

在映射过去的 （另外自行建立）:

贴出我的 和

/jupyter/.jupyterc

/jupyter/.bioinforc

你们可以看到，在$PATH变量中优先级最高，而安装在，等目录下的可执行文件不需要输入全路径也运行，这是搞哪一出？

conda install -p 快速安装软件

各位在学习其他conda教程时，经常会学到新建一个运行环境以满足特定安装需求，还可以通过激活这个环境，但其实还有一个参数用于指定安装目录。

利用了这一点，我们就可以把自己里安装软件到，而是上。

举例如下安装

如此，就安装到对应的位置，如samtools,bcftools,varscan等一众生信软件都可以如此安装。

关键的，在安装这些软件相应被删除后，这些通过安装上的软件不会随着删除，下次重做只要目录映射一致，不需要重装，不需要重装，不需要重装。

有用的时刻？

启动分析流程后，发现代码写错了要强行结束时，只要删除，不需要一个个去kill进程

在另一个机器上快速搭建分析环境，把在新机器上下，各个文件放到正确的位置，然后把已经装上的软件复制过去就能搭建好分析环境。

网页端的shell

本docker中集成的jupyter lab的功能不用太多介绍，我要介绍的是集成的zsh环境，通过输入,就会打开一个有高亮的 shell环境

有两个好处

只要你记得你的访问密码PASSWORD（仔细看我的启动脚本)，IP、端口，就可以通过网页端进行操作。

启动，,的分析流程后，可以直接关闭网页，不需要用启动，下次重新打开该页面还是在继续运行你的脚本 。这个，请各位写个分析流程，自行体会下，也是我认为本次教程的最大亮点。

编辑：jimmy