GraPhlAn可视化工具

GraPhlAn是一种用于生成分类和系统发育树的综合可视化工具。其专注于系统发育和分类学介导分析的精简，整合，信息化和可视化。GraPhlAn结构简要概述如下图：

一、 GraPhlAn依赖关系

GraPhlAn基于Python语言实现。在安装前，需要检查GraPhlAn软件的依赖关系，即需满足以下条件：

1. Python（version>=2.7）

2. Python的biopython模块（version>=1.6）

3. Python的matplotlib模块（version>1.1）

如果缺少相关的模块，则需要先安装对应的模块。

二、 GraPhlAn安装

三、 GraPhlAn标准使用

GraPhlAn包主要包含两个主要脚本：graphlan.py和graphlan_annotate.py.

第一个以三种最流行的格式生成输入树的图形输出：Newick，PhyloXML或文本格式；同时也生成几种不同格式的输出图像：png，pdf，ps，eps，svg，以及可以设置图像的分辨率和大小。第二个修改任何输入树（以三种标准格式中的任何一种）添加关于树的结构或图形方面的附加信息（如分类群的颜色和样式，标签，阴影，图，......）。接下来，展示GraPhlAn的基本使用方法：使用的分析数据为GraPhlAn工具的examples中的数据。

1. 生成基本输出树

graphlan.py guide.txt step_0.png --dpi 300 --size 3.5

这是GraPhlAn可以提供的非常基本的输出树。使用注释文件，我们可以个性化树的方面。

2. 使用注释文件进行优化

graphlan_annotate.py --annot annot_0.txt guide.txt guide_1.xmlgraphlan.py

guide_1.xml step_1.png --dpi 300 --size 3.5

第一个命令将annot_0.txt中的设置绑定到guide.txt树，生成一个新树：guide_1.xml。后面的命令生成png格式的图像。

3. 节点的设置

graphlan_annotate.py --annot annot_1.txt guide_1.xml guide_2.xmlgraphlan.py

guide_2.xml step_2.png --dpi 300 --size 3.5

第一个命令将annot_1.txt文件绑定到上一步生成的树：guide_1.xml，将结果保存在guide_2.xml中。后面的命令将生成png格式的图片。

4. 标签设置

graphlan_annotate.py --annot annot_2.txt guide_2.xml guide_3.xmlgraphlan.py

guide_3.xml step_3.png --dpi 300 --size 3.5

第一个命令将annot_2.txt中的设置绑定到guide_2.xml树，生成一个新树：guide_3.xml。后面的命令生成png格式的图片。

5. 外部设置

graphlan_annotate.py --annot annot_3.txt guide_3.xml guide_4.xmlgraphlan.py

guide_4.xml step_4.png --dpi 300 --size 3.5 --pad 0.0

第一个命令将annot_3.txt中的设置绑定到guide_3.xml树，生成一个新树：guide_4.xml。后面的命令生成png格式图片。

四、 GraPhlAn其他可视化形式

1. 人类微生物组计划

2. 肠道微生物组

3. PhyloPhlAn

4. IBD生物地理学

以上就是GraPhlAn的基本介绍，深度学习GraPhlAn工具可以参考GraPhlAn官网帮助文档。下周将向大家介绍PICRUSt : 基于16S预测微生物群落功能。

供稿人：微生物事业部 宋德强