GraPhlAn可视化工具

GraPhlAn是一种用于生成分类和系统发育树的综合可视化工具。其专注于系统发育和分类学介导分析的精简,整合,信息化和可视化。GraPhlAn结构简要概述如下图:

一、 GraPhlAn依赖关系

GraPhlAn基于Python语言实现。在安装前,需要检查GraPhlAn软件的依赖关系,即需满足以下条件:

1. Python(version>=2.7)

2. Python的biopython模块(version>=1.6)

3. Python的matplotlib模块(version>1.1)

如果缺少相关的模块,则需要先安装对应的模块。

二、 GraPhlAn安装

三、 GraPhlAn标准使用

GraPhlAn包主要包含两个主要脚本:graphlan.py和graphlan_annotate.py.

第一个以三种最流行的格式生成输入树的图形输出:Newick,PhyloXML或文本格式;同时也生成几种不同格式的输出图像:png,pdf,ps,eps,svg,以及可以设置图像的分辨率和大小。第二个修改任何输入树(以三种标准格式中的任何一种)添加关于树的结构或图形方面的附加信息(如分类群的颜色和样式,标签,阴影,图,......)。接下来,展示GraPhlAn的基本使用方法:使用的分析数据为GraPhlAn工具的examples中的数据。

1. 生成基本输出树

graphlan.py guide.txt step_0.png --dpi 300 --size 3.5

这是GraPhlAn可以提供的非常基本的输出树。使用注释文件,我们可以个性化树的方面。

2. 使用注释文件进行优化

graphlan_annotate.py --annot annot_0.txt guide.txt guide_1.xmlgraphlan.py

guide_1.xml step_1.png --dpi 300 --size 3.5

第一个命令将annot_0.txt中的设置绑定到guide.txt树,生成一个新树:guide_1.xml。后面的命令生成png格式的图像。

3. 节点的设置

graphlan_annotate.py --annot annot_1.txt guide_1.xml guide_2.xmlgraphlan.py

guide_2.xml step_2.png --dpi 300 --size 3.5

第一个命令将annot_1.txt文件绑定到上一步生成的树:guide_1.xml,将结果保存在guide_2.xml中。后面的命令将生成png格式的图片。

4. 标签设置

graphlan_annotate.py --annot annot_2.txt guide_2.xml guide_3.xmlgraphlan.py

guide_3.xml step_3.png --dpi 300 --size 3.5

第一个命令将annot_2.txt中的设置绑定到guide_2.xml树,生成一个新树:guide_3.xml。后面的命令生成png格式的图片。

5. 外部设置

graphlan_annotate.py --annot annot_3.txt guide_3.xml guide_4.xmlgraphlan.py

guide_4.xml step_4.png --dpi 300 --size 3.5 --pad 0.0

第一个命令将annot_3.txt中的设置绑定到guide_3.xml树,生成一个新树:guide_4.xml。后面的命令生成png格式图片。

四、 GraPhlAn其他可视化形式

1. 人类微生物组计划

2. 肠道微生物组

3. PhyloPhlAn

4. IBD生物地理学

以上就是GraPhlAn的基本介绍,深度学习GraPhlAn工具可以参考GraPhlAn官网帮助文档。下周将向大家介绍PICRUSt : 基于16S预测微生物群落功能。

供稿人:微生物事业部 宋德强

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20180724G1FJGT00?refer=cp_1026
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