患者生存曲线在线绘制网站集合

在生物领域发文章，针对具体基因的功能和机制研究已经不能够满足稍好点的杂志要求了，而利用TCGA等数据库的资源，我们可以很简单的绘制出自己研究基因的突变或表达量高低与患者的生存预期之间的关系，不说提高一个档次，至少可以增加自己story的意义。

由于我自己对统计和临床也不是很懂。暂时先提供各种网址的资源，具体的结果解读和分析就带过啦~值得注意的是，除了EGFR、KRAS、BRAF这些突变频率很高并且样本数量很多基因以外，其他基因的突变数量很低，所以这些基因就看表达量的高低和生存曲线就好啦。

有些数据库在墙内速度很慢或者干脆打不开，大家可以架着梯子用。

常用的分析网站如下：

1. CBioportal

CBioportal是一个全能的TCGA生信分析平台，可以选择的数据库数量是所有网站中最多的，但不是所有的数据源都有survival信息，例如肺腺癌……

2. Kaplan Meier Plotter

http://kmplot.com/analysis/

这个网页提供的内置的乳腺癌、卵巢癌、肺癌、肝癌、胃癌数据库，不能选择TCGA特定的数据库。而且分析的多是Microarray而不是主流的RNAseq数据，所以看一眼就行了，不是一个主流的网站。

3. Oncoluc

最简明的数据库，做的非常傻瓜。毕竟数据源一样，分析出来理论就是一样的，所以也没必要太麻烦

4. GEPIA

http://gepia.cancer-pku.cn/

北大做的一个在线生信系统，可以分析存活曲线、共表达、癌肿分析等，非常好用，而且在墙内，所以速度很优秀。

5. UALCAN

和上面类似的一个系统，但是可以调节的参数较少，而且设置起来特别别扭，而且图表都很丑（>_

6. Watson

http://watson.compbio.iupui.edu/chirayu/proggene/database/datasources.php

这个好像是大名鼎鼎的watson？这里提供的数据库类别特别多，和CBioportal收录的互有补充，就是界面不大人性化，画出来的图也挺丑

7. UCSC Xena

https://xenabrowser.net/heatmap/

一个非常全能的数据库，存活曲线只是其中一个小功能，更多的是统计和分析，我还不是很擅长用，还需要继续发掘。

8. Survexpress

网址暂时不可用，写这篇备忘录的初衷就是之前做的一个存活曲线投文章的时候需要高清版本，结果发现这个网页打不开了……跟PLOS ONE的editor联系后发现作者的学校服务器在升级，9月中旬提供临时服务，12月才能彻底稳定。这个网页比其他几个网站优越的地方是自动提供了censored的数据分析和绘图，这样看起来显著性比较大

9. Others：还有MIMIC、TCGA自己对应的GDC等等，我自己精力有限也没一个个的试。简单无脑分析我推荐用GEPIA，详细数据可以用CBioportal和GDC portal，我也试过直接下载TCGA的数据用SPSS分析作图，和上面几个数据库没有区别，梯子速度慢，还不如直接用上面的网站做~想要一个好看的结果，请等待Sruvexpress服务器恢复正常~