学Git，为自己

今天是生信星球陪你的第223天

大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

豆豆写于18.12.18-19

了解到Git其实就是因为很红的Github，但Git包含的东西比Github多多了。Git的魔力一直吸引着我，但目前还是只看到了Git的冰山一角，再次接触希望有新收获。这两天写的东西有点多，所以我决定分两次来推送

关于设定

开始使用git，先要设置使用者的email和名称，比如在终端中输入

可以用查看当前的设定

当然使用是针对整个环境来讲，如果想要根据不同的项目设定不同作者，就可以在项目目录下替换为设定

我们都知道，工程师的美德之一就是懒惰，抛弃重复性工作，因此可以设置一些快捷方式帮助git更快处理

与文本编辑器无缝连接

我们都希望git可以直接在终端中打开编辑器如Sublime或者VS code，进行代码编写，然后直接上传到github备份。于是可以找到sublime的安装目录，在它的 目录下有一个 ，然后编辑 【针对mac环境】，添加 就好。之后就可以利用 在terminal中直接用Sublime打开相应的代码了

少打重复的字或者少打错字

设置缩写是比较不错的选择，例如：

当然，这些都可以在中进行修改

全新的开始

第一次使用最重要的就是 ，想对哪个目录进行版本控制（简称“版控”），就在哪个目录下进行该操作，结果就是在该目录下生成了的隐藏目录。

别看我们平时看不到它，它可储存了整个Git的精华（也许正因如此，才让目录隐藏，避免用户删除）。因此，如果有一天，我们不想对这个目录进行版控了，那么只需要移除目录就好

豆知识 Doodle Tip：针对mac系统，建议练习文件都放在一个名为/tmp的目录下进行，这个目录有个最大的好处：在电脑重启后里面的东西都会被清空，不需要手动清理。但是，切记，重要内容不要放在这个目录下

文件放心交给Git吧

以下内容都是作为新手的我踩过的坑，并且不止一次踩过，以至于多个文件丢失，好在不是什么重要的。后来结合搜索的知识总结了一些重点，感觉还是很有用的

先把文件添加进暂存区

首先看看这个命令，它是用来查询目录当前的状态，如果是一个新的目录执行这个指令，会返回 表示当前没有什么东西可以提交；

但是如果新建了一个文件，那么就会提示，就是说这个文件还没有被加入Git版控系统中，并没有被Git正式追踪，仅仅是检查到有这个东西；

我们有了文件，下面就是把新建的文件交给Git，让它来管理、追踪，也就是使用 + 文件名称或整个目录，随后不会提示任何信息，但是可以再次使用来查看当前状态。

只要后，文件的状态就会变成，而不再是，表示此时文件被放在了暂存区（Staging Area），随后看看有没有一起做伴的，去到储存库中。

豆问题1：如果在git add之后，我们又修改了文件的内容，会发生什么？

【例如：我们之前新增一个文件叫，然后我们使用将文件添加到暂存区，突然想起来有个地方需要修改，于是又在终端中修改了】

作为刚接触Git的我们，一般会在修改完直接提交，把刚做的修改保存下来（因为默认commit命令是时刻跟随我们的脚步的，我们修改到哪里，它就帮我们保存到哪里。其实并不是，它并没有这么智能，还是需要我们的指令）

回到上面的问题，我们对文件做了修改，再一下（这里是不是就发现了：最常用的是status命令，我们是需要时刻提醒的，自己做到了哪一步）。得到的结果就变成了两个文件了，一个，一个 。

这里的原因就是：我们在第二步添加文件到暂存区是没错的，Git也帮我们记录下来了；但是问题出现在重新编辑后，这里编辑的内容其实并没有再次被加入暂存区。因此，实际上暂存区的内容还是我们刚才第二步加入的原始内容

当然，也不是不能保存修改。如果确认无误，可以再次使用，将修改后的文件添加到暂存区

豆问题2：在添加文件时，如果想全部添加，是使用还是呢？

这二者在git 2.0以上版本中确实都表示全部文件；但是还有有其他的差别，例如在git主目录下有这几个目录，其中main.css和index.html都做了改动。如果在根目录下执行，那么这两个改动的文件都会被放如暂存区；但是如果在css目录下执行，那么就只有mian.css会被放入暂存区。

但是，我们用就不用担心这个问题，因为即便是在css目录下执行这个操作，还是会把两个修改文件都加入

再从暂存区提交到仓库中

上面的一大段文字都是在描述：如何将文件加入暂存区，但是仅仅这样是不够的。暂存暂存，顾名思义它不会长久。如果想让暂存区的东西永久保存下来，我们还需要用到

一般用法就是： ，其中的以及后面的字符都是在说明：你在这次commit的操作中干了啥。比如第一次提交这个文件就可以用，简单清楚，让别人和自己都能看懂就行，不限中英文。

这个操作结束后，Git就把暂存区的东西储存到了仓库（Repository）中，也就是说：我Git完成了一个文件的存档/备份，也就是做了第一份的版本建立。

直到Commit结束，才算完成了整个流程！

关于commit，还有一点知识需要了解：

Commit到底做了啥？

其实它就是负责了暂存区的东西，也就是说，我们在执行的时候，那些没有添加到暂存区中的档案，就不会被Commit到仓库中

另外，可不可以不加以及后面的啰嗦话？

答案是：不能！因为没有这个看似啰嗦，实际非常有用的语句，Git是不会允许你完成Commit的操作的。并且添加的话，那些模糊的话就不用加了，比如，我们就是想看shoot了什么trouble，这个重要的问题需要指出，例如可以 ，表示改正了12号错误

Commit可不可以提交“空”？

因为在R里，空也是被当成字符来处理的（虽然很绕，它为空，应该没东西，但却还占据着位置）。那么Commit其实也是可以的，但是除了作演示Git的合并以外一般没啥用，可以使用 提交一个“空”文档，然后描述就是“empty”

三大重要空间

Git中的三大重要空间就是：工作区（Working directory）、暂存区（Staging area）、仓库（Repository），它们的关系是：

那么就有一个问题：难道所有的流程都要通过、后才能完成吗？能不能简化流程？

其实可以在commit的时候加上一个参数，如: ，但是这个参数只对已经在仓库中的文件有效，对新加入的文件（即Untracked）的文件无效

其实用分段式管理还是不麻烦的，并且对所有文件通用：可以想象有个仓库，仓库门口是个中转站，中转站上有货物有进有出，要存放到仓库的货物可以先放到中转站（git add），然后等待货物达到一定数量了，就打开仓库门，把中转站的货物一起运进仓库（git commit），并且对每一批货物都做好记录（干嘛的、谁送的）

为什么要攒一段时间再开一次仓库门呢？

其实来一件货物开一次门是可以的，但是问题就是记录次数太多，让Commit记录变得太零散，如果让别人看的时候，大家希望看到一个比较完整的内容，而不是一个Commit接着一个看

因此，问题又来了：什么时候选择进行Commit比较好？

没什么硬性规定，当完成一个任务时或者一天紧张的工作学习时光结束时，可以备份也作为记录

保持看记录的习惯

回顾一般的操作流程：

查看之前的记录是用 ，其中会包含几项重要信息

Commit作者是谁

什么时候进行的commit

每次Commit都做了什么

另外，还会看到 这种信息，看似乱码，其实是非常关键的内容：它其实是SHA-1 （Secure Hash Algorithm 1）演算得到的结果，特点就是重复率极低，因此可以当做Commit的ID号【一般使用6-8位就足以区分不同的Commit了】

当然，如果在后加上，结果就会变得更精简，一次显示的结果更多

利用log信息，我们可以做的事情可以包括：

查找某个人的Commit（团队协作中很重要）

查找包括某个字符的

还可以对Commit的文件进行查找，比如想找提到“生信星球”的文件

查询历史资料时，可以限定时间