如何用命令行下载TCGA数据库癌症数据

TCGA数据库下载数据,需要用到TCGA网站提供的gdc工具,当然如果数量小的,是不需要的,大部分癌症数据信息多,数据量大,是需要用gdc工具才能下载的。

下面就参看这个视频,学习一下如何用命令行下载数据吧

1.打开TCGA主页,点开Launch Data Portal

TCGA数据库临床数据下载

2.1.选GDC Apps---Data Transfer Tool---下载后解压,存到你想存的文件夹里

进入TCGA数据库gdc数据库

2.2解压后文件名叫gdc client.exe

下载TCGA工具

3.1.点data,进去页面,点左边的case,选择pancreas(学习的例子是以胰腺癌为例)

3.2 点case旁边的file,然后勾选选项。我就不说为什么选这些选项了,这些都是根据自己的需要来选,现在勾选的这些是用来举例子的。选完之后点中间蓝绿色的键,Add all files to the cart,于是cart(购物车)里就有182个文件了。

3.3点右上角的cart进入这个页面,点download,就会出来manifest和cart。点击manifest,直接下载,与gdc client.exe放在同一目录下面。

4.两种方法:1,点“开始”,在对话框输入cmd,2.或者按windows键+R。进入DOS。

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20190125A0ERMZ00?refer=cp_1026
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