面对妖艳的配置文件,python小技巧来帮你!

今天小编和大家分享如何借助Python脚本轻松构建cytoscape导入文件。Cytoscape是一个非常适合展示各种相互作用关系的可视化软件。

具体来说就是可以用于蛋白互作网络的展示,miRNA与蛋白质或者TF与RNA的相互作用等内容的可视化,是一个生信分析不可或缺的神器。但是当要处理的数据比较多,并且需要根据Cytoscape要求整理数据的时候,会不会整理到眼花?不知道你们会不会,反正小编每次都整理得想吐血~~~

上一次的利用Cytoscape中展示富集分析的结果教程中,Cytoscape导入的文本内容大致有图中的那几列,

将基因富集后,我们打开的原始文件一般如下图

为了举例说明,我们仅选取了一个性质,通过分列将gene里的gene分散到各个单元格里,形成下图。

具体问题是:将图1中source,性质和target三类数据转化为图2里的具有一对一关系样式,原本的解决方法是利用excel的复制横纵转化粘贴,之后可能还有重新整合起来,太过繁琐。

不懂编程的医学狗,还幻想用excel的函数,妄想解决上述问题,多次尝试还是失败。最后依靠大神大腿,学了用python来解决上述问题。下面和大家分享一下具体步骤。

安装和环境变量设计

网址:https://www.python.org/doc/

安装完还不算,必须先设置好python的环境变量(具体什么东西我一脸懵逼,就知道这个不设置好,错误警告!!!)

设置也很简单:先找到你你python的安装路径,

然后根据一下箭头指示操作

在最后一个编辑系统变量里面,在原来的变量值后面加入“;+python的路径”(这里的分号:,必须是半角下的分号)

创建文本和文件存储

在安装好python以及设计好变量环境后,创建一个文本,改后缀为.py用于存python代码以及一个.txt文本用于存数据。

其中data2.txt里面的数据应该是下图所显示那样,具体拓展看文末,

之后打开,cmd,

先确定刚刚.py和数据文件data.txt所在文件夹。

在命令框里,进入后默认出现1框所出现的,在1框后输入cd+文件存储位置

将索引引到文件存储位置,才可以进行下一步分析

数据转换

然后动动手指按下“python xxx.py”,然后就出现了一个out.txt

打开,看下,刺激不刺激,幸福不幸福!这样就解决了上次的困扰了,希望对大家有帮助。这个事情告诉我们,有个会懂代码的同学是个多么好的体验,睡觉都能笑醒!!!!

代码分析和拓展

1、代码如下

2、代码拓展

上面这个代码的关键在与

output.write(line[0] + '\t' + line[1] + '\t' + i + '\n')这一步,一般不需要更改其余的参数,通过下面几个图来感受下修改后的变化。(这个代码可以拓展,拓展什么样靠自己的想象力了下面我就展示他可伸缩的性质)

加法:(构建具有更多性质属性的输入文件)

output.write(line[0] + '\t' + line[1] +’\t’+line[2]+ '\t' + i + '\n')

公式改变处用红色标明,可以看出这次输出的文件,在原先的基础之上,出现了第三列这一列,也就意味着第三列的输出信息是’\t’+line[2]所表示的。之前说了,line[2]中2是定位的,我们看下我们最先需要处理的数据源。

Line[X]中X的顺序是从0开始的,也就是说line[0]代表A列,line[2]代表C列。

减法:(删减输入性质的文件)

output.write(line[0] + '\t' + i + '\n')

同样我们删去了'\t' + line[1],也就是把line[1]代表的源数据B列给去掉。

根据以上的稍微改动,对于处理这类数据,通过对这段循环语句稍微改动

即通过对x的赋值,结合我们的需要,定好合适的起点就对这个脚本有了全面的了解了。

这个代码是开源的,对于将david,bingo插件等富集分析的输出文件转化成符合cytoscape输入格式是非常便利省时的,不需要什么编程的底子,零基础快速掌握一个python小技巧达到构建配置文件的目的。

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  • 原文链接https://kuaibao.qq.com/s/20190518A0KRA300?refer=cp_1026
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