R绘图笔记｜箱形图的绘制

这里介绍箱形图的绘制，这些图形在文章中是很常见的，也是必须要掌握的。比如下图中的E图（来自文献：DOI: 10.1002/jcp.30015 ）

一.读入数据

如果你想获取该数据用于自己练习，下面是获取数据的地址：

https://docs.qq.com/sheet/DV0dxREV1YkJ0ZmVj

数据格式是这样的。

数据第A列是病人ID，B~E列是临床信息，其他列是病人的RNAseq数据。

你可以保存副本导出，然后自己读入。

假如我们需要绘制某基因在不同分期的表达情况。

先检查数据是否有缺失值，分期信息不知用N来表示，可以删除这些数据。

二.绘图

1.带误差线的箱形图

绘制箱型图用geom_boxplot函数。

notch参数：如果为假(默认)，则制作标准盒图。如果为真，做一个缺口盒图。凹槽用来比较组;如果两个盒子的凹槽不重叠，说明中位数有显著差异。

notchwidth参数：如果指定notch参数为TRUE的话，指定切口宽度，默认0.5。

varwidth参数：如果为假(默认)，则制作标准盒图。如果为真，那么方框的宽度将与组中观察值的平方根成正比。

将notch改为TRUE。

2.箱型与抖动散点组合图

有时候，数据量大，我们需要显示每一个数据点，可以很直观的看到数据的分布情况。在文章中这种图是很常见的。我们只需要在上面的箱形图中加入geom_jitter函数就可以啦。

参考资料：

R语言数据可视化之美，张杰/著

geom_boxplot函数帮助文档