利用GPU模拟心脏研究

心脏疾病位于全球死亡之首。心脏节律紊乱或者心律失常,是值得认真关注的问题。

为了能阻止这种疾病的破坏性,位于澳大利亚达令赫斯特的Victor Chang 心脏研究中心(VCCRI)的研究人员正在使用超级计算机,以更好地了解、诊断和治疗心律失常。VCCRI的计算心脏病专家Adam Hill博士,正带领一个小组,使用CSIRO的布拉格超级计算机,调查异常心律产生的原因,以及遗传基础。

在理想情况下,人们的心脏就像一个节拍器 - 在一个规则的冲程里输送血液,就像一系列的电流脉冲。但是,当电导体未能完成其工作,心脏变得不那么有效,可能最终导致死亡。CSIRO的GPU集群是用澳大利亚第一个诺贝尔奖获得者劳伦斯和亨利·布拉格来命名。这套集群建立于2009年,并定期更新,在2014年的TOP500名单里排名第154。在集群上运行Linux和Windows应用程序,也是世界上运行Windows HPC操作系统最快的超级计算机之一。

其组件包括:

-128双至强8核E5-2650计算节点(即共2048计算核心),128 GB的RAM,500 GB SATA存储和FDR10 InfiniBand互联

-384 NVIDIA Kepler K20的GPU(总共950976 CUDA核心)

-162端口FDR InfiniBand交换机

-大型共享NFS / Windows文件系统

该小组称,在这套集群的帮助下,心脏病专家是第一次如此近地看心律失常的内部运作。而这得益于NVIDIA GPU加速器为CSIRO科学应用带来6-200倍加速比。一个普通工作站上相同的模拟将需要21年来完成的作业在这套GPU集群上模拟只需要十天。

至于现实生活中的应用,Hill博士希望他的研究将让医生更好地解释心脏的读数,这反过来将意味着当心脏节律紊乱开始时候可以更快、更准确的诊断。下一步会通过更好地理解如何以及为什么这种疾病不同表现在不同的患者,这意味着更好的治疗,并最终拯救生命。

希尔博士的研究全文,可以发现在这里。

原文发布于微信公众号 - 吉浦迅科技(gpusolution)

原文发表时间:2015-02-06

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