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用脚本同时对多个fq文件进行数据质量检测

当有多个fq文件要进行数据质量检测时,我们可通过建立一个脚本执行文件,执行该脚本,可同时批量对fq文件进行检测。 1.首先我们要建立一个脚本文件(后缀名为.sh)

lihan@lihan-virtual-machine:~/seqs/trim_out$ nano fastqc.sh

2.然后输入以下脚本:

#!/bin/sh 
for i in output* 
do 
echo $i 
fastqc $i 
done

Ctrl+X保存退出。这里output*是指以output开头的文件名。 3.执行脚本:

lihan@lihan-virtual-machine:~/seqs/trim_out$ sh fastqc.sh

就会自动检测所有以output开头的fq文件,运行结果如下:

output_forward_paired.fq.gz
Started analysis of output_forward_paired.fq.gz
Approx 5% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 10% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 15% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 20% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 25% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 30% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 35% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 40% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 45% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 50% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 55% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 60% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 65% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 70% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 75% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 80% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 85% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 90% complete for output_forward_paired.fq.gz
Approx 95% complete for output_forward_paired.fq.gz
Analysis complete for output_forward_paired.fq.gz
output_forward_unpaired.fq.gz
Started analysis of output_forward_unpaired.fq.gz
Approx 20% complete for output_forward_unpaired.fq.gz
Approx 40% complete for output_forward_unpaired.fq.gz
Approx 60% complete for output_forward_unpaired.fq.gz
Approx 80% complete for output_forward_unpaired.fq.gz
Analysis complete for output_forward_unpaired.fq.gz
output_reverse_paired.fq.gz
Started analysis of output_reverse_paired.fq.gz
Approx 5% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 10% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 15% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 20% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 25% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 30% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 35% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 40% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 45% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 50% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 55% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 60% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 65% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 70% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 75% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 80% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 85% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 90% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Approx 95% complete for output_reverse_paired.fq.gz
Analysis complete for output_reverse_paired.fq.gz
output_reverse_unpaired.fq.gz
Started analysis of output_reverse_unpaired.fq.gz
Analysis complete for output_reverse_unpaired.fq.gz

这时就会在目录下生成.html文件:

lihan@lihan-virtual-machine:~/seqs/trim_out$ ls
fastqc.sh                            output_reverse_paired_fastqc.html
output_forward_paired_fastqc.html    output_reverse_paired_fastqc.zip
output_forward_paired_fastqc.zip     output_reverse_paired.fq.gz
output_forward_paired.fq.gz          output_reverse_unpaired_fastqc.html
output_forward_unpaired_fastqc.html  output_reverse_unpaired_fastqc.zip
output_forward_unpaired_fastqc.zip   output_reverse_unpaired.fq.gz
output_forward_unpaired.fq.gz

4.之后可通过WinSCP或MobalXterm,下载到 windows,打开fastqc.html进行浏览

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