tophat2+cufflinks转录组测序实例（2）——原始数据的处理

1.利用SRA toolkit 将sra文件解压为fastq文件

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[tophat2+cufflinks转录组测序实例——原始数据的获取] (http://www.biocoder.cn/content/62/) 我们在NCBI上获取的数据 要想把下载的原始数据以sra格式结尾的文件给tophat2识别并进行比对，就要将sra格式解压为fastq格式 SRA toolkit 代码如下

fastq-dump --split-files SRR5399538.sra

将4个sra文件分别解压为fastq文件

2.利用bowtie2建立参考基因组的索引

代码如下

bowtie2-build GCA_000009725.1_ASM972v_genomic.fna GCA_000009725.1_ASM972v1_genomic

建立后的索引文件如图

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