tophat2+cufflinks转录组测序实例（1）——原始数据的获取

​

tophat2+cufflinks转录组测序实例将为你介绍转录组测序也就是最近热门的RNAseq整个流程，有兴趣的小伙伴可以点个关注，一起讨论学习！

人的基因组一共有两万多个基因，但这些基因并不是每时每刻都在表达，在不同时间不同组织中，基因的表达是不同的，而检测这些基因表达的有效方法就是RNAseq，它结合了下一代测序技术来对整个细胞的mRNA进行测序，从而确定每一个基因的表达量以及表达区段，主要用在分析不同条件下细胞内基因表达差异和分析基因表达的不同可变剪切上

RNAseq只要分为以下几个步骤首先要把测到的序列比对到基因组上，然后根据map到的区段对细胞构建转录本，然后比较几种细胞的转录本并且合并，最后衡量差异和可变剪切和其他的分析

在现实生活中，待比对的mRNA序列都是通过实验得到的，由于这只是一个例子，主要用于讲解RNAseq流程，所以我们先从NCBI上获取本次实例的原始数据以及参考基因组

从NCBI上下载数据可以用Aspera 使用教程可参考 https://cloud.tencent.com/developer/article/1378794 如图所示，我从NCBI上下载了4个实验的原始数据以及参考基因组 其中以sra为后缀名的为原始数据文件，gtf为后缀名的为参考基因组的注释文件

全文结束,欢迎在评论区讨论~

​