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R语言作图——line plot

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一只羊
发布2019-07-27 18:56:41
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发布2019-07-27 18:56:41
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文章被收录于专栏:生信了

原创:黄小仙

最近小仙同学在Nature Cell Biology上看到了这样一张图,很常见的折线图画成这个样子——原来很常见的图标类型也可以“焕发新春”!

今天小仙同学就尝试用R复刻一张类似的折线图。

Step1. 绘图数据的准备

首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式,建议大家在excel中保存成csv格式。

数据的格式如下图:一列表示一种变量,最后一列是每一行的行名。

假设我们有一组单细胞测序的基因表达量数据,第一至九列表示9种基因,第十列表示每一行细胞的标签。

Step2.绘图数据的读取

data<-read.csv(“yourfile path”, header = T)

#注释:header=T表示数据中的第一行是列名,如果没有列名就用header=F

ave<-read.csv("yourfile path", header = T)

#注释:ave表示平均值数据

Step3.绘图所需package的安装、调用

library(ggplot2)

library(reshape2)

#注释:package使用之前需要调用

Step4绘图

data_melt<-melt (data,id.vars="Cell")

ave_melt<-melt(ave, id.vars = "Type")

#注释:melt()函数把表格中的宽数据变成长数据,注意id.vars对应的参数是相应标签列的列名

p<-ggplot()+geom_line(data=data_melt,aes(x=variable,y=value,group=Cell),size=1,colour="gray")+

geom_line(data=ave_melt, aes(x=variable,y=value,group=Type),size=2,colour="#E3191C")+

theme(panel.background= element_blank(),axis.line = element_line(colour = "black"),

panel.border= element_rect(colour ="black",fill=NA))

p

好啦,今天的分享就到这里了。

今天小仙同学还想留一个问题,如果有很多个excel文件要转存为csv格式,手动操作是不是太慢了一点呢,用什么方法可以快一点呢?小仙同学有一个方法,下次揭晓哦!

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原始发表:2018-12-11,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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