circBase、RegRNA2.0、CircInteractome

今天给大家扒一扒circRNA有哪些好用的数据库。

在circBase（http://www.circbase.org/cgi-bin/listsearch.cgi）中，我们可以通过circRNA名称（hsa_circ_0010153），转录本名称（NM_133494），染色体定位（chr1:12359258-12382803）检索circRNA的信息（序列，定位，gene_symbol等信息），你也可以直接检索mRNA相关（TP53）或是生物学过程相关（apoptosis）的circRNA。

circBase有blat功能可以进行序列比对，用于了解基因的物种保守性，不过物种较少

推荐使用UCSC（http://genome.ucsc.edu/）的blat功能

其实circBase的序列信息还是源于UCSC

但是在UCSC中直接用hsa_circ_0010153直接搜，还偏偏搜不出下面这样的结果

点开一条序列，即可获取该条序列的信息

前面在circBase中，我们已经获取了circRNA的位置信息了，所以就不需要再一个个点开查看基因序列了，直接在UCSC中输入位置信息即可获得完整的基因序列。

那我们获取了基因序列可以干嘛呢？第一反应当然是预测miRNA咯~

在RegRNA 2.0（http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/）中，我们可以用基因序列做很多事情，当然也包括预测miRNA。

miRNA预测结果如下

嫌上面这个预测circRNA的miRNA太麻烦？那你可以试试CircInteractome（https://circinteractome.nia.nih.gov/）

就是这么简单粗暴

以上的检索结果如果都不能让你满意，你可以试试曲线救国的方式，用circRNA的gene sybmol来搜索相关的miRNA，比如hsa_circ_0009973的gens symbol是

VPS13D。不过这样一来你得确认circRNA与miRNA结合区域在mRNA和circRNA序列中都是存在的，如果结合区域由于剪切方式不同在circRNA中被剪没了那就玩不起来了。此外由于circRNA是环状的，所以在和miRNA结合时，自由能等等参数肯定会由于分子构象发生改变，所以预测的准确性也会打折扣。