在python中使用R—rpy2包学习
在python中使用R—rpy2包学习
生信编程日常
发布于 2020-04-01 15:34:51
发布于 2020-04-01 15:34:51
python与R处理数据都十分方便，不过功能侧重点不是很一样，python作为一种通用型语言用处更加广泛；而R在可视化和统计分析等方面更加方便。有时候在python的代码中插入R的code会更快捷的实现我们想要的功能，rpy2这个包则可以让我们实现这一功能。
1.安装
pip install rpy2如果安装不上的话，可以试试conda：
conda install -c r rpy22.使用 比如如下使用iris数据集，求第一列Sepal.Length的均值：
import rpy2.robjects as robjects
rscript = '''
data(iris)
print(mean(iris$Sepal.Length))
'''
robjects.r(rscript)这段代码可返回：
3.在notebook中直接使用 加载rpy2.ipython：
%load_ext rpy2.ipython在cell中调用R：
画图：
%%R -w 500 -h 300
# 画图
data(iris)
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)
调用ggplot2画图：
%%R -w 500 -h 300
library(ggplot2)
# data(iris)
p = ggplot(data,aes(x = Sepal.Length, y = Sepal.Width, color = Species)) + geom_point(size=4)
print(p
这样就可以实现在jupyter notebook中写python的同时也能写R了！
此外，在python中也可以调用shell命令，一个比较简单的方法是导入os模块来实现，如下所示：
import os
os.system("ls") # 列出当前文件夹所有的文件
# 输出test文件的内容
os.system(os.system("awk '{print $0}' test.txt"))
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