生信编程日常

LV1
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matplotlib圆环图/饼图显示比值

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data.fame转list

有一个叫group_g的data.frame,想按group那一列转为list,代码如下:

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scHCL || 鉴定人的单细胞数据细胞类型

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对10X单细胞reads进行随机抽样

此功能使用样本中的信息通过指定的道具对每个分子的读数进行下采样。然后,它基于具有非零读取计数的分子构造一个UMI计数矩阵。目的是消除技术噪声中的差异,这些差异可...

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ggplot重新画seurat对象的聚类图

参考:https://stackoverflow.com/questions/59101791/seurat-dimplot-highlight-specifi...

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jupyter配置代码自动补全

linux下安装nbextensions,jupyter_nbextensions_configurator。

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cellranger拆分BCL数据

Illumina测序下机后的数据为 原始数据(raw base call )BCL文件,拿到BCL文件之后,第一步是使用cellranger的cellrange...

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pandas修改索引

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R安装旧版本的包

======================================== 我们目前在简书连更了365天啦,已经拿到了那个年更徽章。现在打算不定期更新记...

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蛋白ID转基因ID

将Ensembl 中的蛋白ID转化成基因ID,可以通过clusterProfiler这个包。 如以大鼠的基因与蛋白转化为例; 安装clusterProfil...

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URD包分析单细胞数据

因为没有找到提供的测试数据集,就用之前用seurat分析过的不同时期的心脏单细胞数据跑一边吧。E9.5_P21.combined@assays$RNA@coun...

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ggplot散点图加相关系数

计算一组数据有没有相关性以及相关程度时,可以使用cor(),以及cor.test()计算显著性,如下所示,我们想计算这两种花的长度有没有相关性。

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R中的expand.grid() 函数

在R中,expand.grid()函数可以返回几个元素所有可能的组合,使我们免于多层遍历的苦恼。比如如下例子:

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H2O简单深度/机器学习框架介绍(一)

今天看到cell report上面的一篇ML/DL的文章竟然是用的H2O的框架,没有用更常见的tensorflow/pytorch, 去查了一下,发现这也是个新...

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解决安装homebrew时候的443错误

在MacOS中homebrew是个非常方便靠谱的工具,但是安装的时候有时候会遇到443错误。

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去除箱线图中的outliers

异常值outlier:指样本中的个别值,其数值明显偏离它(或他们)所属样本的其余观测值,也称异常数据,离群值。当遇到一组数据中有少量outliers,一般是需要...

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clustree为聚类可视化

在单细胞的研究中,经常需要做的就是聚类。在聚类的时候,对于聚出多少个cluster,一个相关的参数是resolution,当数值小的时候,cluster少,数值...

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分类的评价指标

1)准确率(Accuracy)表示正确分类的测试实例的个数占测试实例总数的比例,计算公式为:

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git合并远程分支

另外需要注意的是,如果两个分支之间存在冲突,那么在merge这一步的时候回报错。解决方法可以参考:https://www.liaoxuefeng.com/wik...

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scanpy分析单细胞数据

scanpy和seurat是最常用的分析的单细胞的工具,seurat基于R,而scanpy基于python。 linux下用pip安装scanpy

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