生信编程日常

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python中的异或运算

leetcode上有这么一道题:【136. Single Number】 这个题是给出一个非空列表,里面的元素只有一个只出现了一次,其余都出现了两次,找出这个...

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Shiny学习(四)||响应式输出

Shiny应用程序中控件选中的值可以通过生成响应式输出来显示。用户切换控件的值,输出的文本也随着控件的值自动响应。 如下是两个小控件,分别用来展示 varia...

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hisat2-build建立索引所需的SNP文件

hisat2建立索引的时候支持将SNP的信息考虑进基因组中,在比对的过程中,不会将Alt SNP当做mismatch看待。

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Linux/MacOS批量修改文件名字

有时候文件夹中存在九个small_*.jpeg文件,*处是1-9,比如small_1.jpeg,当我们要批量改名的时候,一般会用以下两种方法:

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liftover基因组转换中的bed文件

今天用liftover做基因组转换的时候,hg38转hg19,所有的位点都转失败了。看到提示为“#Deleted in new”。一般这个错误为是由于hg19 ...

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Shiny学习(三)||添加控件

继续学习如何将控件添加到Shiny应用程序中。控件是用户可以与之交互的Web元素。控件为用户提供了一种将消息发送到Shiny应用程序的方法。

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多重假设检验的三种常见方法计算

一般来说,当p.value < 0.05时,我们认为犯错误的概率很低,可以否定原假设。但是假如我们做了很多次实验,比如10000次,那么犯错误的次数可能能达到5...

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Shiny学习(二)

Shiny使用fluidPage创建一个显示界面,该显示界面可自动调整为用户浏览器窗口的尺寸。还可以通过在fluidPage函数中设置元素对用户界面进行布局。

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python3中的.maketrans()方法

Python3中字符串的.maketrans()方法可以用于创建字符映射转换表。 一般来说接受两个参数,第一个参数是字符串,表示需要转换的字符,第二个参数第转...

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shiny学习(一)

这个直方图在左侧有一个可以调整bins个数的滑条,当用户滑动选择bins的数目时,图表也随即产生变化,这样实现了一个交互式的过程。

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ggplot2实现哑铃图

哑铃图(Dumbbell Chart),也叫DNA图。当我们想要比较不同指标不同组的情况可用多个“哑铃”表示。另外,如果想表示某一组在不同条件下的变化情况也可以...

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动态规划算法练习 (3)

一个有名的按摩师会收到源源不断的预约请求,每个预约都可以选择接或不接。在每次预约服务之间要有休息时间,因此她不能接受相邻的预约。给定一个预约请求序列,替按摩师找...

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基因芯片分析流程

读取array数据首先确定一下测序平台和数据系列,然后用相应的包读取基因表达芯片数据-CEL格式文件并处理成表达矩阵。 affy包(Affymetrix 平台...

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动态规划算法练习 (2)

爱丽丝和鲍勃一起玩游戏,他们轮流行动。爱丽丝先手开局。 最初,黑板上有一个数字 N 。在每个玩家的回合,玩家需要执行以下操作: 选出任一 x,满足 0 < ...

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动态规划算法练习 (1)

动态规划(英语:Dynamic programming,简称DP)是一种在数学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的,通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式...

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三维基因组(Hi-C)的原理以及应用

Hi-C技术源于染色体构象捕获(Chromosome Conformation Capture, 3C)技术,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基...

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ggplot2 / ggpubr 实现发散型棒棒糖图

棒棒糖图 (Lollipop Chart),其实是一种特殊的barplot,只是将bar转变成了line和dot。效果如下两图所示:

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ggplot做蝴蝶图

蝴蝶图是一种形似蝴蝶双向柱状图。做GO term 的时候常常同时展现上调和下调的数据,因此,这里用ggplot2绘制GO term双向柱状图。 输入数据为cl...

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构建列表 [[0] * m] * n带来的隐患

这里只修改了L[0][0],但是却L却输出: [[1, 0, 0], [1, 0, 0]]

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单细胞多数据整合

单细胞转录组学已改变了我们认识细胞状态的能力,但对生物学的深入了解,整合多组学数据集以更好地理解细胞身份和功能。该文章开发了一个 一起“锚定”各种数据集的策略...

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