批量预测转录因子（TF）和转录因子结合位点（TFBS）
在真核生物中，基因的编码序列在DNA链上是不连续的，被非编码序列隔开。这些基因，只有在转录因子结合到其特定的DNA序列上后，基因才开始表达。那么，我们要了解的是，什么是转录因子？什么又是转录因子结合的的特定的DNA序列（转录因子结合位点）？
那首先，什么是转录因子呢？维基百科中是这么说的：转录因子（Transcription factor）是指能够结合在某基因上游特异核苷酸序列上的蛋白质，这些蛋白质能调控其基因的转录。方法是转录因子可以调控核糖核酸聚合酶（RNA聚合酶，或叫RNA合成酶）与DNA模板的结合。 转录因子的本质是与DNA特异性结合的一系列蛋白质。一般有不同的功能区域，如DNA结合结构域与效应结构域。转录因子不单与基因上游的启动子区域结合，也可以和其它转录因子形成转录因子复合体来影响基因的转录，可以产生很复杂而精细的影响。结合在DNA上的启动子以及增强子之类控制转录的区域上，促进或者抑制DNA上的遗传信息向RNA转录的过程。
什么又是转录因子结合位点？某度百科中是这么介绍的：转录因子结合位点（Transcription factor binding site，TFBS）是与转录因子结合的DNA片段，长度通常在5~20 bp范围内，一个转录因子往往同时调控若干个基因，而它在不同基因上的结合位点具有一定的保守性，又不完全相同。
好了，接下来我们看如何预测整个物种的转录因子和转录因子结合位点。
首先介绍一个神奇的网站：是由咱们北京大学开发的转录因子数据库（PlantTFDB），目前，已经更新到v5.0 版本。
http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/
在这个网站上提交你的蛋白质或者cds序列，就可以预测是否是转录因子，当然你可以选择一次性上传所有的基因组文件，也可以分批次上传来预测。
http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/prediction.php
转录因子结合位点的预测呢，也可以在线提交来预测，只需要将你自己基因集的启动子区序列提取出来，在线提交就可以出结果。启动子区一般是基因前 1 kb， 1.5kb 或者 2 kb。
http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/binding_site_prediction.php
当然，如果要批量预测转录因子结合位点，最好还是用Linux命令行来做预测，这样可以提高我们的效率，结合MEME套件的 fimo 工具来进行实现。
首先下载MEMEsuite 软件包，进行安装，最新版的为5.1.0版。软件地址为：http://meme-suite.org/meme-software/5.1.0/meme-5.1.0.tar.gz 下载完成后安装即可。
然后，再利用咱们北大的plantTFDB这个软件下载不同物种matrix（*.meme）
http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/download.php#bind_motif
最后使用MEME套件的 fimo 工具来进行预测。
fimo --oc . --verbosity 1 --thresh 1.0E-5 Ath_TF_binding_motifs.meme promoter.fa
这样我们基因组上的转录因子和转录因子结合位点的预测就完成啦。
