上一篇分享了AttentionGatedVNet3D模型,但还没有进行实际测试。今天我将用该模型进行肾器官分割。
1、AttentionGatedVNet肾器官分割训练效果
我是在1080ti显卡上跑的,所以batchsize设置成3,如果大家出现OOM错误,请修改该参数,如果显存比11G还大的话,也可以设置大一些。最下面的图是训练loss结果及精度结果。
2、在测试数据上分割结果
前面也说过,训练是用0-199例数据来训练,测试是在200-209上来测试。在测试的时候,我们直接输入原始图像大小,例如512x512x48,将训练好的模型导入后,将512x512xn(可能是几百)的输入按z方向取48,不断输入到模型中得到最后肾器官分割结果。分割结果如下面视频所示,红色轮廓是金标准结果,蓝色轮廓是预测结果。与之前的VNet结果相比,感觉没有太大幅度的精度上的提升。
在10个测试集上计算dice值,平均值是95.64%。
3、代码分享
相应代码,我已经分享到github上了,地址:
https://github.com/junqiangchen/AttentionGatedVNet3D
如果大家觉得这个项目还不错,希望大家给个Star并Fork,可以让更多的人学习。如果碰到任何问题,随时留言,我会尽量去回答的。