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KM plotter绘制生存曲线(临床意义)

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芒果先生聊生信
发布2020-07-14 17:31:38
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发布2020-07-14 17:31:38
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文章被收录于专栏:芒果先生聊生信

生信论文的套路

  1. ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析;
  2. 临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库),很重要;
  3. Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性;
  4. cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一);
  5. STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路(机制二);
  6. TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征(机制三)。

KM plotter数据库是进行生存分析最权威的网站,数据最全,尤其在乳腺癌、卵巢癌、肺癌和胃癌,包括肝癌的研究中,具有极大的优势。尽管,象GEPIA数据库和UALCAN数据库也可以对生存率做分析,但是资料的全面性和权威性上,还稍差一些。在已发表的论文中,生存分析的数据多来自KM Plotter数据库。

我们分享如何通过KM plotter数据库,直接获得生存曲线。我们以FTH1基因为例,分析FTH1对肾癌存活率的影响。

首先选择Pan-cancer RNA-seq;在gene symbol位置输入基因名称,FTH1;survival有OS和RFS,随访时间最长是240个月;数据库中只有两种肾癌的亚型,KIRC和KIRP;亚型分析包括,病理阶段stage,性别gender,种族race,分级grade,突变负担Mutation burden;细胞类型包括各种免疫细胞,可以先选择all。

然后,点击画图,draw Kaplan-Meier Plotter即可。

得出基因表达与KIRC的关系。

基因表达与KIRP的关系。

根据上述结果,截图即可用于论文发表。同样的道理,分析基因表达对肾癌亚型RFS的影响。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2020-07-13,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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