Pymol-基本指令

#从PDB上获取蛋白结构，格式：fetch  PDBid
fetch 1lev

#初始化
reinitialize
#确定工作目录
cd C:\Users\DIG\pymol
#联网状态下获取蛋白，就是fetch PDBid
fetch 1lep
#给蛋白上色，给蛋白中的A链上黄色
color cyan 
color yellow, chain A 
#背景变为白色
bg_color white
#移去F链
remove chain F
#选择蛋白中的organic类成分，这个选择命名为substrctes
select substrates, organic
#选择蛋白中的小分子，F6P，命名为f6p
select f6p, resn F6P
#zoom到f6p
zoom f6p
#这句没懂，懂了更新给你们看
util.cbac('f6p')
#选择f6p3.5埃以内的残基，命名为act_site
select act_site, byres f6p around 3.5
#将act_site的展示形态变为sticks
show sticks, act_site
#创建一个距离的object，在f6p和act_site之间，这个object的距离为极性相互作用的距离（mode=2）。
distance pol_cont, f6p, act_site, mode=2
#选择1lev中的A链得CLI，这个选择命名为cli
select cli, /1lev//A/CLI 
#选择mn，这个选择命名为MN
select mn, name MN 
#将mn展示状态设置为spheres
show spheres, mn
#标记活性位点，在CB原子上命名，残基+数字
#label的命令行模式我得再查查
label act_site and name CB, resn+resi
#然后zoom
zoom pol_cont
#按照一个1024,768的模式观看，
viewport 1024,768
#背景白色
bg_color white
#渲染
ray
#图像保存为 1lev.png
png 1lev.png