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文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-10-rosetta-GeneralizedKIC 示例-3

文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-10-rosetta-GeneralizedKIC 示例-3

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OpenMM-组蛋白甲基转移酶分子动力学模拟-TIP3P

介绍 步骤 step 1 使用pdbfixer来处理蛋白 step 2.1 溶剂化以及使用TIP3P进行模拟 step 2.2 溶剂化以及使用TIP4...

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Python每日一谈|No.34.实例.14-爬去PubChem

你可以使用pubchempy来获取信息,我不倡导使用爬虫爬取,这只是以前的随便写写而已。

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Python每日一谈|No.33.实例.13. 药物分子可合成性分析-SA

反正,你要做药物,或者不管做什么,都需要顾及到各种各样的条件,我们总是在所处的条件环境下进行选择或者进行实验。

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文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-8-rosetta-GeneralizedKIC 示例

随后定义了一个loop,从3位氨基酸开始,向后到 1位氨基酸,通过二硫键到 10位氨基酸,然后返回到 5位氨基酸。此loop通过KIC进行闭合,并采样loop构...

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文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-7-rosetta-安装以及KIC简单使用

如果你的蛋白的链是断裂,可能发生在同源建模之后。在这种情况下,没有缺失的残基,只是主干本身没有闭合。

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FindKey-CADD-交流群-半月结-No.1-2021.03.31

A:1,rdkit+Knime;2,随便一个文本编辑器,打开,编辑就可以,用记事本打开 剪切出来-再粘贴到新文件就好了

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​文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-6-rosetta-安装

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文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-5

RosettaScripts: A Scripting Language Interface to the Rosetta Macromolecular Mod...

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文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-4

复现这文章需要RosettaScript,而RosettaScript为XML格式

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文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-3

参考:https://en.wikipedia.org/wiki/Beta_hairpin

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文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-2

GeneralizedKIC适用于任意backbones,以及有侧链、配体等的loop。

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Python每日一谈|No.36.实例.16.Colab-一个免费的深度学习开发环境(免费使用GPU和TPU)

Colab由Geogle开发,当然我这里不教翻墙,你可以自己去学习,网上教程不少。

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【机器学习】ATSE:利用注意力机制图神经网络结合多肽的结构和共进化信息预测其毒性

多肽类药物目前已经成为制药界和科学界重点关注的一类非常有前途的疾病治疗药物。目前,对于多肽毒性分析关注很少,基于安全性和监管目的,分析肽类毒性非常重要。随着候选...

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Python每日一谈|No.35.实例.15.GWO(灰狼优化算法,Grey-wolf-optimization)

前言 简介: 算法基本流程 数学模型 社会分层 包围猎物 捕猎 袭击猎物 搜索猎物 算法步骤 算法实现 求解函数 Code 效果

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文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part-9-rosetta-GeneralizedKIC 示例-2

教程呢,基础版也会写,就像前面的内容仍然是免费,但是后面的,一般情况下也用不到。用到的大多数可能是商业应用,所以,我会适当收费。

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Gxjun

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Python每日一谈|No.32.实例.12.IDE

集成开发环境(IDE,Integrated Development Environment )是用于提供程序开发环境的应用程序,一般包括代码编辑器、编译器、调试...

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文章复现-No.1-Rosetta-KIC-Part.1

先看算法KIC,是kinematic closure 的简称,翻译一下运动学闭环,以前是用做机器人的,现在引入到rosetta中,其实你们说学科交叉什么太先进,...

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Python每日一谈|No.31.实例.11-OpenMM.No.3.小分子力场生成

hi,好晚了,这还是一篇存稿,你可以看着进行使用,具体细节看下看下openmm官方的github issue,现在我找不到了,看来我github还是不够熟练,找...

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