Pymol-Mesh(电子密度图)

简介：

Pymol中的蛋白显示状态mesh很重要，也就是网格显示

1:先看一下常规的mesh显示，此蛋白为6m1h

2:显示蛋白电子密度图，首先需要在pdb上下载相关的电子密度文件

3:pymol直接打开文件，load

出现一个新的object，emd_30047

4:emd_30047附件选择A-->mesh

此时出现不同的level显示

随机选择一个，此时选择level1.0，出现一个新的object：emd_30047_mesh,且此时，主界面中显示电子密度图的mesh（别忘了提前把6m1h的mesh显示隐藏）

5:查看object：emd_30047_mesh的level，有不同的level级别，随机选择几个查看效果

5.1 level 3

5.2 level 5

细节可以自己去看下差别

6:显示某个肽段的电子密度

6.1先选取某个肽段，形成一个新的object，我选择28-36部分，形成一个新的object01

6.2接下来需要输入指令

详情见：https://pymolwiki.org/index.php/Isomesh

具体形式：

isomesh name, map, level [,(selection) [,buffer [,state [,carve ]]]]

解释：

原文：

• name = the name for the new mesh isosurface object.
• map = the name of the map object to use for computing the mesh.
• level = the contour level (in sigma units)
• selection = an atom selection about which to display the mesh with an additional "buffer" (if provided).
• state = the state into which the object should be loaded (default=1) (set state=0 to append new mesh as a new state)
• carve = a radius about each atom in the selection for which to include density. If "carve" is not provided, then the whole brick is displayed.

谷歌翻译+人工：

• name =将要创建的新的关于电子密度的object的名称，就是新建。
• map =电子密度图的object，也就是emb_30047_mesh(这名字怎么这么长)。
• level=级别（以sigma为单位）,越大越精细
• selection =需要加载电子密度的对象就是obj01
• state =对象应加载到的状态（默认为1）（将state = 0设置为将新的网格附加为新状态），没看懂，没用过
• carve=要显示的范围半径

6.3，那直接输入

isomesh new_mesh,emd_30047,5,obj01,carve=3.0

出现了：

放大看下：

new_mesh旁边的A中选择不同的level显示

我选择level5，此时obj01选择为sticks模式

6.4，显示的一般，现在显示原本的mesh，obj01的

6.5在setting选择edit all

6.6:filter中输入mesh，先把obj01的mesh变为白色

（1）将mesh_as_cylinders：打勾

（2）mesh_grid_box：选择一个合适box数目

（3）mesh_quality：调高，最高5

（4）mesh_width调节线条宽度

（5）min_mesh_spacing:网格间最小空间

效果图：左边是mesh调节之后，右边是自动生成的电子密度图，感觉还可以更好一点，但是还需要再手动调节