简介:
Pymol中的蛋白显示状态mesh很重要,也就是网格显示
1:先看一下常规的mesh显示,此蛋白为6m1h
2:显示蛋白电子密度图,首先需要在pdb上下载相关的电子密度文件
3:pymol直接打开文件,load
出现一个新的object,emd_30047
4:emd_30047附件选择A-->mesh
此时出现不同的level显示
随机选择一个,此时选择level1.0,出现一个新的object:emd_30047_mesh,且此时,主界面中显示电子密度图的mesh(别忘了提前把6m1h的mesh显示隐藏)
5:查看object:emd_30047_mesh的level,有不同的level级别,随机选择几个查看效果
5.1 level 3
5.2 level 5
细节可以自己去看下差别
6:显示某个肽段的电子密度
6.1先选取某个肽段,形成一个新的object,我选择28-36部分,形成一个新的object01
6.2接下来需要输入指令
详情见:https://pymolwiki.org/index.php/Isomesh
具体形式:
isomesh name, map, level [,(selection) [,buffer [,state [,carve ]]]]
解释:
原文:
谷歌翻译+人工:
6.3,那直接输入
isomesh new_mesh,emd_30047,5,obj01,carve=3.0
出现了:
放大看下:
new_mesh旁边的A中选择不同的level显示
我选择level5,此时obj01选择为sticks模式
6.4,显示的一般,现在显示原本的mesh,obj01的
6.5在setting选择edit all
6.6:filter中输入mesh,先把obj01的mesh变为白色
(1)将mesh_as_cylinders:打勾
(2)mesh_grid_box:选择一个合适box数目
(3)mesh_quality:调高,最高5
(4)mesh_width调节线条宽度
(5)min_mesh_spacing:网格间最小空间
效果图:左边是mesh调节之后,右边是自动生成的电子密度图,感觉还可以更好一点,但是还需要再手动调节