Conformator使用—小分子构象生成工具

DrugScience

发布于 2021-02-04 15:05:28

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简介：

计算机辅助药物设计方法，例如：对接，药效团搜索，3D数据库搜索以及3D-QSAR模型的创建，需要构象集合来处理小分子的灵活性。Conformator，这是一种基于知识的算法，用于生成构象集合。在测试分子的99.9％的情况下，Conformator凭借其在输入格式，分子几何结构和大环化合物处理方面的鲁棒性而脱颖而出。有了一组扩展的扭转角采样规则，一种用于生成大环构象异构体的新算法以及一种用于构象异构体装配的新聚类算法，Conformator达到了中位数最小均方根偏差（在蛋白质结合的配体构象之间测量）且最多包含250个集合为0.47Å，与排名最高的商业算法OMEGA没有显着差异，并且比包括RDKit DG算法在内的7种免费算法明显更高的准确性。

Conformator可免费用于非商业用途和学术研究。

算法：

1:通过切割键对所有大环进行切片，直到没有大环为止。

2:为没有大环的亚结构生成构象，这些构象作为重建的起点。

测试集：

Accuracy and Ensemble Size

maximum ensemble size 50		maximum ensemble size 250
algorithm	mean	median	mean	median
	RMSD (Å)
Conformator Best	0.68	0.58	0.57	0.47
Conformator Fast	0.75	0.66	0.64	0.53
CONFECT	0.92	0.74	0.78	0.67
RDKit DG	0.82	0.64	0.64	0.52
OMEGA	0.67	0.51	0.57	0.46

局限性：

Conformator仅针对有机化合物而开发。不支持任何无机分子以及金属有机化合物。对具有多达16个可旋转键的分子测试和评估了。对于更大，更柔韧的分子，无法期望构象空间的合理覆盖。

案例：

下载地址：

https://uhh.de/naomi

安装：

使用mac测试，在安全性与隐私中设置打开

使用：

conformator -i in.mol2 -o out.mol2
#文献中报道支持mol2,sdf,smiles,inchi

Calculates conformations for the molecules in the input file:
 
 Options:
  -h [ --help ]                  Prints help message
  -v [ --verbosity ] arg (=3)    Set verbosity level
                                 (0 = Quiet, 1 = One-line-summary, 2 = Errors,
                                 3 = Warnings, 4 = Info)
  -i [ --input ] arg             Input file, suffix is required.
  -o [ --output ] arg            Output file, suffix is required.
  -q [ --quality ] arg (=2)      Set quality level
                                 (1 = Fast, 2 = Best)
  -n [ --nOfConfs ] arg (=250)   Set maximum number of conformations to be
                                 generated.
  -f [ --from ] arg (=1)         Position of first entry in the
                                 calculation[start:1].
  -t [ --to ] arg (=4294967295)  Position of last entry in the calculation.
  --keep3d                       Keep initial 3D coordinates for molecule as
                                 starting point for conformation generation.
  --hydrogens                    Consider hydrogen clashes during conformation
                                 generation.
  --macrocycle_size arg (=10)    Define minimum size of macrocycles (<= 10)
  --rmsd_input                   Calculate the minimum RMSD of the closest
                                 ensemble member to the input structure.
  --rmsd_ensemble                Calculate the minimum RMSD of the closest
                                 ensemble members to each other.
 
 License:
  --license arg                  To reactivate the executable, please provide a
                                 new license key.

参考文献：

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.8b00704

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原始发表：2020-08-20，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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