hdf5 简介

概述

HDF5 (Hierarchical Data Format) 是由美国伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校，是一种跨平台传输的文件格式，存储图像和数据

hdf5的优势

• 通用数据模型，可以通过无限多种数据类型表示非常复杂、异构的数据对象和各种各样的元数据
• 高速原始数据采集
• 可移植和可扩展，文件大小没有限制
• 自描述的，不需要外部信息应用程序来解释文件的结构和内容
• 拥有用于管理、操作、查看和分析数据的开源工具和应用程序软件的生态系统
• 在各种计算平台(从笔记本电脑到大规模并行系统)和编程语言(包括C、c++、Fortran 90和Java)上运行的软件库

hdf5结构

hdf5结构分为两个部分，一个是group，一个是dataset。不同的group存放不同的数据，dataset分为原始数据和元数据

groups

每一个hdf5文件有一个根目录，根目录的子级单位有多个group

如上图所示，根目录下有两个group，viz group中有许多图和表，其中，表和simout group是共享的。simout group中有一个三维的矩阵和2个2维的矩阵。

hdf5的文件格式，极其类似unix操作系统

datasets

HDF5数据集包含数据和描述文件也就是metadata

在上面的图片中，数据存储为大小为4 x 5 x 6的三维数据集，数据类型为整数。属性为时间和压力，同时数据被分块和压缩

Datatypes

Datatypes描述数据集中单个数据元素的数据类型，如下图的32位整数

Dataspaces

Dataspaces描述数据集数据元素的布局。下图为3*5的2维（rank）数组

Properties

Properties适用于描述hdf5文件的特征，通过修改这些性能，可以提高存储效率 比如默认情况下，数据是连续分布的，为了更好的效能，可以将数据分割成块并压缩

Attributes

与hdf5文件关联的文件，包含两个部分，名字和值，通俗点讲就是一个描述文件

语言支持

1. C语言
2. python的h5py模块（备用）
3. R语言基于R6对象的hdf5r包（主要）

结束语

hdf5是一个非常专业的数据存储格式，同时支持的数据类型广泛，有更高级的使用，但是考虑到时间和需求，我应该不会在这方面深入过多，后续应该会更新r语言的hdf5文件处理，python备用。

love&peace