R-ggplot2 学术箱线图制作
R-ggplot2 学术箱线图制作
01. 引言
之前有和群里的小伙伴讨论说"将之前Python-matplotlib 绘制的图用R-ggplot2重新绘制"，也得到很多小伙伴的响应
。本期推文就推出箱线图(boxplot)的R-ggplot2 绘制方法，大家可以和 Python-matplotlib 箱线图绘制 这篇文章对比下。
02. R-ggplot2 绘制
（1）数据预览
由于数据和之前的数据一样，且ggplot2 对绘图数据也是有一定要求，现给出数据如下（部分）：
其中Type 中主要含有 Teain sample 和 Test sample 两种。
（2）数据可视化
R-ggplot2 绘制箱线图很简单，主要为 geom_boxplot() ,先采用默认的参数绘制 ，代码如下：
plot_pir <- ggplot(data = box_data,aes(x = Type,y = AOD_550nm))+
geom_boxplot(aes(fill=Type))+
labs(caption = "Visualization by DataCharm")
plot_pir结果如下：
当然，你也可以更改 x、y，使其"横向"展示：
plot_pir2 <- ggplot(data = box_data,aes(x = AOD_550nm,y = Type))+
geom_boxplot(aes(fill=Type))+
labs(caption = "Visualization by DataCharm")
plot_pir2结果如下：
虽然默认的格式还不错，但想要符合学术图表要求，还是需要们进行定制化修改，如箱线图的宽、颜色、字体以及一些主题 颜色等，下面我们进行修改。代码如下：
plot_pir2_ed <- ggplot(data = box_data,aes(x = AOD_550nm,y = Type))+
geom_boxplot(aes(fill=Type),width = 0.4)+
labs(x ='Values',y=NULL,
title = "The boxplot of Train data and Tset data",
subtitle = "Boxplot R-ggplot2 Exercise",
caption = 'Visualization by DataCharm')+
#添加图序号（a）
geom_text(x=2.4,y=2.3,label='(a)',size=8,family='Times_New_Roman',fontface='bold')+
theme(text = element_text(family = 'Times_New_Roman'),
axis.text = element_text(family = 'Times_New_Roman',size = 13,face = 'bold'),
#去除图例标题
legend.title = element_blank(),
axis.ticks.length=unit(-0.25, "cm"),
#设置刻度label的边距
axis.text.x = element_text(margin=unit(c(0.5,0.5,0.5,0.5), "cm")),
axis.text.y = element_text(margin=unit(c(0.5,0.5,0.5,0.5), "cm"))
)
plot_pir2_ed涉及到的都是简单的 绘图函数及绘图属性设置。大家可以直接阅读ggplot2的官网(https://ggplot2.tidyverse.org/reference/theme.html) 进行查看。上述代码结果如下：
ggplot2 自身带有多个优秀的 主题风格(theme),下面我们结合主题并设置自定义较利于出版的灰色系颜色，代码如下：
plot <- ggplot(data = box_data,aes(x = Type,y = AOD_550nm))+
geom_boxplot(aes(fill=Type),width = 0.4) +
scale_fill_manual(values = c('grey40','grey80'))+
#设置轴范围
scale_y_continuous(limits = c(-.1,2.5),expand = c(0,0))+
labs(x =NULL,y=NULL,
title = "The boxplot of Train data and Tset data",
subtitle = "Boxplot R-ggplot2 Exercise",
caption = 'Visualization by DataCharm')+
#添加图序号（a）
geom_text(x=2.4,y=2.3,label='(a)',size=8,family='Times_New_Roman',fontface='bold')+
theme_linedraw()+
theme(text = element_text(family = 'Times_New_Roman'),
axis.text = element_text(family = 'Times_New_Roman',size = 13,face = 'bold'),
panel.grid.major = element_line(colour = "gray50",linetype = 'dashed',size=.57),
panel.grid.minor = element_line(color = "white"),
#去除图例标题
legend.title = element_blank(),
#加宽图边框
panel.border = element_rect(size=1),
#修改刻度线朝里
axis.ticks.length=unit(-0.25, "cm"),
#设置刻度label的边距
axis.text.x = element_text(margin=unit(c(0.5,0.5,0.5,0.5), "cm")),
axis.text.y = element_text(margin=unit(c(0.5,0.5,0.5,0.5), "cm"))
)
plot知识点：
（1）自定义颜色
scale_fill_manual(values = c('grey40','grey80'))（2）主题选择：theme_linedraw()
（3）theme()中进行定制化设置
theme(text = element_text(family = 'Times_New_Roman'),
axis.text = element_text(family = 'Times_New_Roman',size = 13,face = 'bold'),
panel.grid.major = element_line(colour = "gray50",linetype = 'dashed',size=.57),
panel.grid.minor = element_line(color = "white"),
#去除图例标题
legend.title = element_blank(),
#加宽图边框
panel.border = element_rect(size=1),
#修改刻度线朝内
axis.ticks.length=unit(-0.25, "cm"),
#设置刻度label的边距
axis.text.x = element_text(margin=unit(c(0.5,0.5,0.5,0.5), "cm")),
axis.text.y = element_text(margin=unit(c(0.5,0.5,0.5,0.5), "cm"))
)结果如下：
或者如下：
使用 theme_classic() 主题，效果如下：
更多主题设置，大家可以查看官网哦
。(以自己经验来说，还是直接查官网 或者 Google)
03. 总结
R-ggplot2 绘制箱线图还是十分简单的，不仅拥有丰富 的图表元素设置函数、主题以及额外的第三方绘图包。当然，对绘图数据的要求也比较严格。大家觉得和Python 绘制 有什么不同呢？欢迎在文末 读者讨论 或 进群进行交流讨论