文章复现-靶向NDM-1的大环肽抑制剂的计算设计-Part.10
文章复现-靶向NDM-1的大环肽抑制剂的计算设计-Part.10
前言
这文章大约，已经拖了一个月了，不出意外，我还会拖很久
本来呢，看了一眼正文，9页，也还好。预期是打算写一个爽文，震惊复现PNAS，你上你也行系列。
然后，下载了一下支持材料
有些文章，正文只能算一个Abstract。
不过，挺好的，值得仔细研读。
而且，我这个公众号，一向不是为了讨好读者，迎合社会而设计的。
那么，接着研读吧。
先看摘要
抗生素耐药性的增加需要针对耐药性因素的新疗法，如新德里金属疗法-β-内酰胺酶1（NDM-1），一种降解细菌的酶β-内酰胺类抗生素。
作者提出了一种基于结构的计算方法，设计由L-和D-氨基酸构建而成的大环肽，用于新型抗生素药物研发，这些大环肽可以与NDM-1(New Delhi metallo-β-lactamase 1)结合，并抑制其活性。
作者的方法考虑到了肽倾向于结合构象，此方法可以预测7种被设计出的多肽的活性实验中的rank。
作者确定了三种与NDM-1复合的抑制剂的X射线晶体结构，并且在三种抑制剂中，肽的构象都非常接近计算的模型。
在上述三种复合物中的两种结构中，多肽与NDM-1的结合模式也与设计模式非常相似。而在第三种结构中，作者观察到了一种替代的结合模式，这种结合模式可能是由设计中的形状的内部对称性与靶点的灵活性的结合引起的（internal symmetry in the shape of the design combined with flexibility of the target）。
什么叫，设计中的形状的内部对称性--internal symmetry in the shape of the design 尽管在某些方面仍然存在缺陷，例如：预测靶点骨架变化，结合模式，以及突变对结合亲和力的影响，但是作者设计的有序的，有结合能力的大环化合物对广泛的治疗靶点具有广泛的适用性。
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