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使用LeDock进行批量分子对接

备注

1. ledock需要联网使用,至少ledock的linux版本是,所以请保持网络通畅

2. 本教程需要有简单的linux基础,非win下直接可视化操作

官网:

http://www.lephar.com/software.htm

简介:

Ledock是苏黎世大学ZHAO Hongtao博士期间开发的一款跨平台(Win,Linux, Mac OS)分子对接软件,在速度和准确度上均呈现出强劲的优势。根据对Astex diversity set的测试,预测的最佳构象准确率能达到94.1%(Gold 86.5), 对Kinase100set的测试,其准确率达到97%。Ledock采用模拟退火-遗传算法交叉的算法进行构象搜索,对接打分涵盖范德华相互作用(vdw),静电相互作用(Coulombic interaction),氢键贡献(Hbond)以及分子间(inter-)和配体分子内(intra-)的冲突(clash)几项的和做为打分方程。

摘自--http://bioms.org/thread-1227-1-1.html

其可以用于多种用途

教程

1. 下载ledock软件

下载地址:http://www.lephar.com/download.htm

将ledock加入到环境变量中

   vim ~/.bashrc

输入以下文本:

# ledock
export PATH=$PATH:/Users/Software/ledock

保存

2. 下载lepro用于处理蛋白

LePro:http://www.lephar.com/download.htm

将lepro加入到环境变量中,同上

3. 使用lepro处理蛋白

输入指令

 lepro_mac 2BSM.pdb

此时输出文件为pro.pdb蛋白,为处理好的受体蛋白

4. 处理配置文件

配置文件格式一般为

其文件名为dock.in

Receptor
pro.pdb

RMSD
1.0

Binding pocket
24.547 39.47
1.521 16.828
17.274 34.566

Number of binding poses
20

Ligands list
ligand_list.txt
END

其基本解释为

Receptor受体文件信息RMSD1.0Binding pocketxmin xmax ymin ymax zmin zmaxNumber of binding poses20Ligands list配体列表文件END

如果你熟悉vina,那么其binding box可以计算为

xmin = center_x – size_x/2
xmax = center_x + size_x/2
ymin = center_y – size_y/2
ymax = center_y + size_y/2
zmin = center_z – size_z/2
zmax = center_z + size_z/2

配体列表文件

ligand_list.txt中的内容为

lig1.mol2
lig2.mol2
lig3.mol2
lig4.mol2

这样你可以很方便的使用ledock进行批量对接,而不需要编写复杂的脚本

5. 运行

其运行也非常方便

直接输入指令

 ledock dock.in

6. 输出

ledock会输出一个lig.dok文件

当然,你可以直接打开

可以看到时间,打分,以及坐标信息

zerodesigner:2bsm/ $ head lig.dok
REMARK Docking time: 0.4 minREMARK Cluster   1 of Poses: 12 Score: -9.56 kcal/mol
ATOM      1  C22 LIG     0      35.161   6.509  21.561
ATOM      2 H221 LIG     0      35.281   7.572  21.345
ATOM      3 H222 LIG     0      35.964   5.981  21.048
ATOM      4 H223 LIG     0      34.215   6.152  21.149
ATOM      5  O21 LIG     0      35.249   6.255  22.965
ATOM      6  C18 LIG     0      34.241   6.830  23.734
ATOM      7  C19 LIG     0      32.889   6.919  23.324
ATOM      8  H19 LIG     0      32.550   6.542  22.370

7. 处理

输入以下指令将lig.dok分割为可视化三维文件格式

 ledock -spli lig.dok

此时,输出文件为

  lig_dock001.pdb  
  lig_dock002.pdb   
  lig_dock003.pdb   
  lig_dock004.pdb

编号为1默认最优结构

8. 分析

我们这里只是简单的目测一下,暂时不进行详细的作用力分析

本文分享自微信公众号 - FindKey(DrugNote),作者:ZeroDesigner

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2021-05-09

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