TBtools | 序列信息统计及序列操作
本期讲解的是TBtools序列工具中的Fasta序列信息统计及序列操作，包括Fasta Stats和Sequence Manipulate两部分。
进入TBtools界面，点击Sequence Toolkit进入Fasta Tools即可看到（如下图）。
为了更直观展的示结果，以下操作将用到我虚构的名为test.fasta的文件（如下图），大家在实际操作时换成自己需要的Fasta文件即可。
>contings-1
AGCAATTCCACCTTCGTAA
>contings-2
AAGTCACCAGGGGATGCAA
>contings-3
TCTGTTTCACACTCATCTT
TAAAGGTAGTTTCAATAAT
>contings-4
AGTGCCATTTCTTTAAATA
TCACTTTTTTATCTTCTCT
TTTAAAATTAACAACATTA
>contings-5
TAATAAGTCACAGTCATGC
ATTGCATTATTAGCTTCAT
AAGTTCCGTGCATTCCAAG
CATTCCTAAAAATTGATTA
TCATTTCCAGGATAAGCAC
CTAGGCCTTGTAAAGTTGA
>contings-6
GCATGTGCATGACCTTGGC
TTCCATAACCAAAAATTGC
TATTTTTTTACTTTTAATT
AAATCTACATCTGCATCTT
ATAAAACATTTTCATTTTT1.Fasta Stats
该工具可获取Fasta序列的以下信息：
①Total_Len（序列总长）
②Total_Seq_Num（染色体数）
③Total_N _Counts（未测通的碱基数）
④Total_LowCase_Counts（重复序列的标志）
⑤Total_GC_content（GC含量）
⑥Minimum Len（最小序列长度）
⑦Maximum Len（最大序列长度）
⑧Mean Len（平均序列长度）
⑨Median Len（序列中位数长度）
⑩N50
具体操作，如下图所示：
2.Sequence Manipulate
该工具可以对序列进行以下操作（可勾选多个组合使用）：
Reverse（反向）
Complement（互补）
RNA（序列对应的RNA序列）
UpperCase（大写）
LowerCase（小写）
其他可选项：
Only IDs（只显示序列ID）
Only Seqs（只显示序列信息）
Seq in one Line（序列显示在一行）
Bases per Line（每一行的碱基数，设置需要取消勾选[Seq in one Line]）
具体操作，如下图所示：
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原始发表：2021-12-05，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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