49-R编程（十一：用microsoft R 随时多线程）

北野茶缸子

发布于 2021-12-17 09:12:34

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发布于 2021-12-17 09:12:34

文章被收录于专栏：北野茶缸子的专栏

参见：https://cloud.tencent.com/developer/article/1728636

简介

前段时间看群里的师兄发了一张图：

“整个基准测试分成了6大部分，分别为矩阵相乘、Cholesky分解、QR分解、奇异值分解、主成分分析、线性判别分析。这六大任务覆盖了常见的所有矩阵密集型运算，具有相当的代表性。那MRO的成绩如何？以矩阵相乘为例，我们发现，CRAN R在单线程下需要运行140.63秒，而同样在单线程下，MRO只需要14.11秒，速度是原来的近10倍！然而这里的提高仅仅是由BLAS/LAPCAK库所带来的，在多线程下面MRO有着怎样的表现呢？上面的表格告诉我们，在4线程（大多数的超极本都有2核2线程或者2核4线程）以及8线程（大多数台式PC的情况）的条件下，MRO只花了3.27秒以及1.89秒就跑完测试，性能分别是CRAN R的43倍及74倍！Intel大补丸见效之快、药效之好实在是令人咋舌！在其他项目的测试中，MRO相比CRAN R都有着2x~50x的提高。可能有小伙伴会问，那CRAN R在多线程形况下性能有多少提高呢？大猫提醒大家，CRAN R执行命令是单线程的，因此哪怕在多核CPU上跑CRAN R，性能也不会比单核有多大提高！”

是骡子是马，咱拉出来溜溜：

安装非常简单，和一般的R 一样，只不过其没有提供mac os 版本（太损啦）。

使用

使用上和一般的R 感觉差不多，但上来就很爽：

设置核心数

两个函数，和parallel 包中的操作非常像：

getMKLthreads() # 查看线程
setMKLthreads(<value>) # 配置线程

镜像设置

发现和R open 在r studio 中设置镜像不同，mran R 的设置不起作用。

这里可以参考我的设置，直接在Rprofile 中配置即可：file.edit(file.path("~", ".Rprofile")) 进入文件

# start with welcome
.First <- function(){
  message("Hello Peng!")
  message(paste0("Welcome at ", date()))
  # 配置install 命令使用的线程
  n <- parallel::detectCores()
  options(Ncpus = n-1)
  n2 <- getOption("Ncpus", 1L)
  message(paste0("We will use ", n2, " cores for installing.\n"))
}


# 配置镜像
r <- getOption( "repos" );# set CRAN mirror for users in China
r[ "CRAN" ] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"; # CRAN的镜像地址
options( repos = r )

BioC <- getOption( "BioC_mirror" ); # set bioconductor mirror for users in China
BioC[ "BioC_mirror" ] <- "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"; # bioconductor的镜像地址
options( BioC_mirror = BioC )

rm(r, BioC)

# finish with goodbye
.Last <- function(){
  cat("\n Goodbye,", date(), "\n")
}

这样两个主要安装R 的来源都配置好了镜像了：

getOption( "repos" )

因为mran 其实用的R 包也是来自cran 的镜像，所以也没啥问题：

R version 4.0.2 (2020-06-22) -- "Taking Off Again"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

R是自由软件，不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。

R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.
用'contributors()'来看合作者的详细情况
用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。

用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或
用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.

Microsoft R Open 4.0.2
The enhanced R distribution from Microsoft
Microsoft packages Copyright (C) 2020 Microsoft Corporation

Using the Intel MKL for parallel mathematical computing (using 4 cores).

Default CRAN mirror snapshot taken on 2020-07-16.
See: https://mran.microsoft.com/.

只不过mran 毕竟是cran 的升级，因此版本更新慢了一点，R 都4.0.5 它还是0.2 版本。（其实影响也不大的）