98-R茶话会17-在后台执行R命令
- 参考：
- (13条消息) 如何在linux中后台运行R_zsbo2015的博客-CSDN博客_后台运行r脚本[1]
前言
不得不说，用久了Rstudio 自己果然变笨了。之前竟然用了几天命令行下进入R 反复执行一段脚本，就在那里等着。
稍微总结一下后台执行R 的方法，其实很简单。
不算后台执行的方法
就是上面提到的我的笨方法，通过Rserver, ssh…… 连接到服务器，执行命令后：
重开一个连接即可：
另外，我发现如果是使用Rstudio 或juypter lab 这些工具，关闭terminal 后，系统并不会自动帮你将该terminal 下的程序内存清除。
这就导致了我发现，后台出现了非常多状态为S 的R 进程，我不得不手动kill 掉它们。
1-挂起后再放到后台
同样进入R后，命令执行后，我们可以使用ctrl + z ，将程序挂起。
> Sys.sleep(10000000)
^Z
[1]+ Stopped R
接下来使用bg 将程序放到后台继续执行：
$ bg 1
[1]+ R &
$ jobs -l
[1]+ 16366 Running R &2-使用R脚本
在接触R之间，我是厌恶写代码的。为什么？
因为往往为了得到结果，我不得不写长长的脚本，而可能得到的只有短短的结果。
而遇到R 以后，随便调个参数，掉个函数，我就可以在Rstudio 里自由地驰骋在交互的海洋。
如果是费时的命令呢？
其实就是调用Rscript 执行你写好的R 脚本：
nohup Rscript ./Script/BREMSC.R > bremsc.log 2>&1 &需要注意的是：
- 请在运行命令前查看自己的脚本是否书写正确（用小数据跑一遍）；
- 做好异常输出；
- 使用save 等函数将脚本中输出的重要变量保存。
或者你想在后台查看是否是你运行的脚本呢？
而且，你也可以通过jobs 随时查看脚本是否正常运行：
$ jobs -l
[1]- 11445 Running nohup Rscript ./Script/BREMSC.R > bremsc.log 2>&1 &
[2]+ 11560 Running nohup Rscript ./Script/CiteFuse.R > citefuse.log 2>&1 &3-给脚本传参
既然有了脚本，我们有时候必不可免的需要用到传参来加速我们的代码执行效率。
先看看Rscript 的帮助文档：
$ Rscript
Usage: /path/to/Rscript [--options] [-e expr [-e expr2 ...] | file] [args]
--options accepted are
--help Print usage and exit
--version Print version and exit
--verbose Print information on progress
--default-packages=list
Where 'list' is a comma-separated set
of package names, or 'NULL'
or options to R, in addition to --no-echo --no-restore, such as
--save Do save workspace at the end of the session
--no-environ Don't read the site and user environment files
--no-site-file Don't read the site-wide Rprofile
--no-init-file Don't read the user R profile
--restore Do restore previously saved objects at startup
--vanilla Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file
--no-init-file and --no-environ
'file' may contain spaces but not shell metacharacters
Expressions (one or more '-e <expr>') may be used *instead* of 'file'
See also ?Rscript from within R
(R4.1.2) intern 22:31:10 ~/1.project
参考：Rscripts的使用，以及如何为R脚本传参数 - holy_black_cat - 博客园 (cnblogs.com)[2]
Rscript 可以接受多个args 参数，而在R 脚本中通过commandArgs()这个函数接受这些参数中的变量，接下来就可以通过args<-commandArgs(T) 收集这些变量。
而通过下标访问args，即可以在脚本中获得这些外来变量。
比如脚本如下：
cat > test.R
args <- commandArgs(T)
citefuse_time <- 1
sce <- 1
names <- gsub("./Output/seurat_", "", args[1])
names <- gsub(".Rda", "", names)
print(sce)
save(citefuse_time, sce, file = paste0("./Output/","citefuse_",names,".Rda"))命令:
Rscript test.R ./Output/seurat_P1.Rda
> [1]不难注意到，我直接在脚本中library 或save data 了，其实你也可以借助以下参数：
--save
--default-packages=list当然这就是个人习惯了。
参考资料
[1]
(13条消息) 如何在linux中后台运行R_zsbo2015的博客-CSDN博客_后台运行r脚本: https://blog.csdn.net/zsbo2015/article/details/111477257
[2]
Rscripts的使用，以及如何为R脚本传参数 - holy_black_cat - 博客园 (cnblogs.com): https://www.cnblogs.com/awishfullyway/p/6632669.html