超量化合物库筛选策略–P1

简介

好久不见，已变成年羹尧。这篇文章好久之前就注意到了，去年的刷了一波屏。组合化学和分子对接的交叉，看起来效果还是不错的。

这是2021年的文章，在他前面（2019年）还有一个姐妹篇，也是组合化学与分子对接的碰撞，大家可以找时间再自己研读下。

文章思路

一张图示足够了

文章步骤简介

1. 从Enamine中获取75000种化学反应物以及121种化学反应
2. 构建一个最小枚举库(Minimal enumeration library)，约600000个化学分子,用于代表整个化学空间，约110亿个分子
3. 使用此最小枚举库与蛋白靶点进行对接，并选取打分顶尖的1000-10000个化合物
4. 对这1000-10000个化合物所代表的化学空间同样进行分子对接
5. 随后获取化合物进行活性实验验证

实现

主要解决的几个问题：

1. 片段库的选取：这个可以从enamine的官网获取其building block
2. 化学反应库的构建：这个信息比较难获取，Enamine沟通没有拿到，不过我使用开源化学反应库--ORD用以替换
3. 最小枚举库的构建：构建的问题主要在分类，哪一种片段可以用于代表整个种群，也就是文中所表述的gap
4. 虽然文中提供了一套操作软件V-SYNTHES用于指导，但是其需要商业软件ICM-Pro+VLS license 配合使用

参考

[1] Lyu J , Sheng W , Balius T E , et al. Ultra-large library docking for discovering new chemotypes[J]. Nature, 2019, 566(7743):1.

[2]Synthon-based ligand discovery in virtual libraries of over 11 billion compounds[J]. Nature.

[3]https://enamine.net/compound-collections/real-compounds/real-space-navigator

[4]https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.1c09820

[5]https://github.com/katritchlab/V-SYNTHES