linux23-直接在命令行运行python或R

北野茶缸子

发布于 2022-07-07 14:44:19

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发布于 2022-07-07 14:44:19

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Date : [[2022-05-01_Sun]]
Tags : #linux/index/01

前言

最近看到csvtk这款工具，里面提到作者的初衷：

sed/awk/cut等Shell命令主要用于通用的表格数据，不适合含有标题行的CSV格式；为了一个小操作写Python/R脚本也有点小题大作，且难以复用。

确实有的时候，我们需要结合python,R 或者一般shell 语法的特性，结合使用，甚至制作精巧的pipeline。

我们可以不可以直接在命令行中使用shell 语法呢？

就像在R 或python 中，我们可以分别使用：

system("echo 'test'");
import os; os.system('ls -lh')

既然你有了，那我呢？（shell 举了举手）

命令行内使用python或R

python 提供了-c 选项，我们可以直接利用该选项，输入python 命令：

$ python3 -c 'a=3;print(a)'
3

但无奈的是，我仅仅发现，R 只提供了一个-e EXPR 选项，让你输入R 命令后，R 会进入到环境并进行相关计算就退出：

$ R -e '1+1'

R version 3.2.2 (2015-08-14) -- "Fire Safety"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> 1+1
[1] 2

这非常的不优雅。

既然Rscript，可以接受脚本进行R 命令运行，那么，我们可否在不书写R 脚本的情况下，直接把内容传递给Rscript 呢？

如果是重定向输入或者是管道符号呢？

$ Rscript << test
> 1+1
> test
Usage: /path/to/Rscript [--options] [-e expr [-e expr2 ...] | file] [args]

--options accepted are
  --help              Print usage and exit
  --version           Print version and exit
  --verbose           Print information on progress
  --default-packages=list
                      Where 'list' is a comma-separated set
                        of package names, or 'NULL'
or options to R, in addition to --slave --no-restore, such as
  --save              Do save workspace at the end of the session
  --no-environ        Don't read the site and user environment files
  --no-site-file      Don't read the site-wide Rprofile
  --no-init-file      Don't read the user R profile
  --restore           Do restore previously saved objects at startup
  --vanilla           Combine --no-save, --no-restore, --no-site-file
                        --no-init-file and --no-environ

'file' may contain spaces but not shell metacharacters
Expressions (one or more '-e <expr>') may be used *instead* of 'file'
See also  ?Rscript  from within R

并不好用。似乎Rscript 并不接受来自标准输入的内容来源。

我忽然想到了shell的<()，其可以将结果以文件的形式作为输入传递给其他命令：

$ Rscript <(echo "1+1")
[1] 2

好了，现在你知道，该如何在命令行中使用python 或R 了吗？

依然存在缺陷

比如，如果我们想要用管道符传递这样的结果，或者是，我们的shell 脚本中希望使用变量呢？似乎命令行内直接使用其他语言都不是一个明智的决定。当我们需要其他语言时，还是得依靠脚本，实现输入输出的传递。

而尴尬之处也在这里，不使用脚本的话，文件很难像shell 一样仅仅一两句命令实现输入输出。

命令行中直接运行的场景，目前我能想到的也仅仅是，你可以直接在命令行内进行数学计算了：

❯ 1+1
zsh: command not found: 1+1
❯ python3 -c 'print(1+2)'
3

然而，似乎直接进入ide，更加方便：

❯ python
Python 3.9.7 (default, Sep 16 2021, 08:50:36)
[Clang 10.0.0 ] :: Anaconda, Inc. on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> 1+2
3

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原始发表：2022-05-24，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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