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awk比较两文件(-)

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生信编程日常
发布2022-09-28 10:17:29
7870
发布2022-09-28 10:17:29
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发现awk比较的时候可以用-代替某一个文件,这样让整个代码更灵活:

代码语言:javascript
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cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' 1.txt -

取代第一个文件的位置:

代码语言:javascript
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cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' - 1.txt

这样在提取bam文件的信息的时候比较方面,比如:

代码语言:javascript
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samtools view -@ 8 reads.bam | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' reads_name.txt -
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原始发表:2022-08-29,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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