[Bio | 论文简读] DiffChIPL：一种基于limma的具有生物复制的高通量测序数据的差异峰值分析方法

简读分享 | 乔剑博 编辑 | 龙文韬

论文题目

DiffChIPL: a differential peak analysis method for high-throughput sequencing data with biological replicates based on limma

论文摘要

动机：ChIP-seq 检测染色质内的蛋白质-DNA 相互作用，例如染色质结构成分和转录机制的相互作用。ChIP-seq 配置文件通常在重复中存在噪声和可变性，这对开发有效算法以准确检测差异峰提出了挑战。最近为此目的设计了一些方法，但有时会产生与潜在生物学不一致的相互矛盾的结果。大多数现有算法在有限的数据集上表现良好。为了改进 ChIP-seq 的差异分析，本文提出了一种基于L imma (DiffChIPL)的新型ChIP -seq 差异分析方法。

结果：DiffChIPL 自适应不对称或对称数据，可以准确报告全局差异。本文使用转录因子 (TF) 和组蛋白修饰标记的模拟和真实数据集来验证和基准测试本文的算法。DiffChIPL 在不同的模拟和控制数据集中表现出卓越的灵敏度和误报率。DiffChIPL 在真正的 ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag 和 ATAC-seq 数据集上也表现良好。DiffChIPL 是一种准确且稳健的方法，在包括 TF 结合、组蛋白修饰和染色质可及性在内的各种应用中表现出更好的差异分析性能。

论文链接

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/38/17/4062/6637512