note-6实操

原创

素素

发布于 2023-02-09 11:52:50

2220

发布于 2023-02-09 11:52:50

文章被收录于专栏：生信课程note＋实验知识生信课程note＋实验知识

title: "note6-实操"

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date: "2023-02-09"

R Markdown

# 6-1
# 1.加载test.Rdata,分别test的以a和b列作为横纵坐标，change列映射颜色，画点图。
library(ggplot2)
load("test.Rdata")
ggplot(data = test)+
  geom_point(mapping = aes(x = a,
                           y = b,
                           color = change))

# 2.尝试修改点的颜色为暗绿色(darkgreen)、灰色、红色
ggplot(data = test)+
  geom_point(mapping = aes(x = a,
                           y = b,
                           color = change))+  
scale_color_manual(values = c("darkgreen","grey","red"))

#或者给颜色单独命名一下，比如：
library(ggplot2)
ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                           y = Petal.Length,
                           color = Species))+
  scale_color_manual(values = c("blue","red","grey"))

a = c("blue","red","grey")
names(a) = unique(iris$Species)
ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                           y = Petal.Length,
                           color = Species))+
  scale_color_manual(values = a)

# 6-2
# 1.尝试写出下图的代码
ggplot(data = iris)+
  geom_boxplot(mapping = aes(x = Species,
                           y = Sepal.Width, 
                           fill = Species))

# 2. 尝试在此图上叠加点图，
# 能发现什么问题？
library(ggplot2)
ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Sepal.Width, 
                                 y = Species
                                 ))+
  geom_violin(mapping = aes(fill = Species))+
  geom_boxplot()+
  geom_jitter(mapping = aes(shape = Species))+
  scale_shape_manual(values=c(1,10,15))+
  theme_classic()#改掉灰色的背景，下面的也是

  theme_bw()

## List of 94
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##   ..$ margin       : NULL
##   ..$ debug        : NULL
##   ..$ inherit.blank: logi TRUE
##   ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
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##   ..- attr(*, "unit")= int 8
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##   ..$ margin       : 'margin' num [1:4] 4.4points 4.4points 4.4points 4.4points
##   .. ..- attr(*, "unit")= int 8
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##   ..$ inherit.blank: logi TRUE
##   ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
##  $ strip.text.x              : NULL
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##   ..$ family       : NULL
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##   ..- attr(*, "class")= chr [1:2] "element_text" "element"
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##   ..- attr(*, "unit")= int 8
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##   ..- attr(*, "unit")= int 8
##  $ strip.text.y.left         :List of 11
##   ..$ family       : NULL
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  theme_minimal()

## List of 94
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#这个画出来ppt展示的一张图
  library(ggstatsplot)
  ?ggbetweenstats
  ggbetweenstats(
    morley,
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    y               = Speed,
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  )