生信干货~ID(ENSGxx)转Gene name的方法~

ID转换 很多时候你得到的是GENCODE的ID，比如ENSGxxx之类的，怎样转换成gene symbol呢？往下看

一般的教程是这样的

R语言环境下library("AnnotationDbi")library("org.Hs.eg.db")columns(org.Hs.eg.db) #看一下都有什么res

DIY的教程是这样的

上面那个教程可以应对一般情况，比如对新注释的要版本求也不那么高，知道是什么基因就好了。那么有些特殊要求怎么办比如我想看看非编码，想看看最新的注释结果？“少废话，来干货~”首先去下载你要的最新的GTF文件，这个在建立index的时候就用到了，这里强烈建议，有什么建立的index，就用什么区注释你的基因。下载完之后，将GTF拷贝到R语言工作环境biocLite("rtracklayer")library("rtracklayer")myGTF <- "Your_download_GTF_name.gtf"newGTF <- import(myGTF)a<-cbind(newGTFgene_type)colnames(a)<-c("geneid","genename","genetype")res GTF那里你可以DIY，比如有专门的lncRNA的注释文件等等merge之后会用重复，下面的是去除重复的方法

下面按照一般的分析顺序再做一下以往教程总结1、10元转录组分析：首先你得有个服务器~饿第肾啊~2、10元转录组分析：这次真的是干货了~灰常干3、从零到壹：10元转录组分析~硬盘不够用咋办4、从零到壹:从SRA下载到分析~纯干货5、生信干货~SRA转fastq的教程~补课啦~6、从零到壹:10元~Mapping神器STAR的安装及用7、生信干货~SRA下载后批量处理Counts文件 最近在分析一批数据，用打赏的钱给服务器充值，谢谢诸位公众号日后会有文献和临床部分的更新，希望有更多人一起来维护。