Linux多用户R包权限问题解决及一次性协作项目构建

原创

叶子Tenney

修改于 2023-03-28 07:48:49

8540

引言

今天遇到的问题:

使用 BiocManager::install("edegR") 安装 edgeR 的时候, 提示一堆包需要更新, 但是更新进程显示无权限. 查看 .libPath() 可以看到出了自己的 "/home/tenney/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.1" 以外还有两个包库也可以作为来源, 且不可取消.

r$> .libPaths()
[1] "/home/tenney/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/4.1" "/usr/lib64/R/library"                              
[3] "/usr/share/R/library"

因此为以后考虑, 将 /usr/lib64/R/library 下的个人R包放到了私人目录.

/usr/lib64/R/library 设置权限为755.

那么, 如果想以团队协作为目的, 可否构建一个一次性R项目呢?

效果展示

过程

包库权限设置

将 /usr/lib64/R/library 下的个人R包放到了私人目录.

/usr/lib64/R/library 设置权限为755, 禁止普通用户写入.

新建共用包库, 权限设置为 777 , 使所有人可将该目录添加为包库.

$ chmod 777 -R Rlib                       
$ ll | grep Rlib
drwxrwxrwx   3 root        root               45 3月  26 19:38 Rlib
$ ll Rlib
total 0
drwxrwxrwx 3 root root 17 3月  26 19:38 x86_64-redhat-linux-gnu-library

新建一批测试帐号

# create and edit
touch createuser.sh
vim createuser.sh

# run
chmod u+x createuser.sh
bash ./createuser.sh

for i in {1..10}
do
	username=gsegroup_$i;
	echo $username;
	if [ -n $username ]
	then
		sudo useradd -d /home/$username -s /bin/bash -m $username
		echo $username:$username | sudo chpasswd
		echo "user $username added!"
	else
		echo "the username is null!"
	fi
done

进入一个新账户的rstudio-servers: