Linux-shell 脚本
原创
vim编辑器 复习pic1
pic1
·shell脚本为了之后可以看出使用shell写的后面加上后缀 .sh
shell脚本解释器(shebang) pic2
pic2
shebang扩展:如何解决不同的平台或者不同的设备下的差异? shebang的通用写法:
• #!/usr/bin/env bash #用env调用
• #!/usr/bin/env python
• #!/usr/bin/env Rscript
env的位置相对固定, 让env去调用当前环境下的编译器
(base) Mar402 20:35:03 ~
$ which Rscript
/usr/bin/Rscript
(base) Mar402 20:35:23 ~
$ conda activate R4
(R4) Mar402 20:35:44 ~ #在不同的环境下 Rscript不一样
$ which Rscript
/trainee/Mar402/miniconda3/envs/R4/bin/Rscript
(R4) Mar402 20:39:33 ~
$ conda activate RNA
(RNA) Mar402 20:39:49 ~
$ echo $PATH | tr ':' '\n'
/trainee/Mar402/bin
~/bin
/trainee/Mar402/miniconda3/envs/RNA/bin
/trainee/Mar402/miniconda3/condabin
/usr/local/sbin
/usr/local/bin
/usr/sbin
/usr/bin
/sbin
/bin
/usr/games
/usr/local/games
/snap/bin #不同环境中调用不同的内容，是因为conda已经将PATH改了想把脚本当成命令使用 （满足三个条件）
(R4) Mar402 21:01:29 ~
$ vim file1.sh #条件1 存在这个文件
(R4) Mar402 21:05:26 ~
$ bash file1.sh
hi!
(R4) Mar402 21:05:39 ~
$ ll -thr file1.sh
-rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 31 Apr 4 21:05 file1.sh
(R4) Mar402 21:06:35 ~
$ chmod u+x file1.sh #条件二 添加权限
(R4) Mar402 21:06:42 ~
$ ll -thr file1.sh
-rwxrw-r-- 1 Mar402 Mar402 31 Apr 4 21:05 file1.sh*
(R4) Mar402 21:06:51 ~
$ mv file1.sh* bin/ #条件三移到PATH可以搜到的范围
(R4) Mar402 21:07:34 ~
$ ls bin
ace2sam hisatgenotype_build_genome.py
AUTHORS hisatgenotype_extract_reads.py
blast2sam.pl hisatgenotype_extract_vars.py
bowtie2sam.pl hisatgenotype_hla_cyp.py
doc hisatgenotype_locus.py
example hisatgenotype_modules
export2sam.pl hisatgenotype.py
extract_exons.py hisatgenotype_scripts
extract_splice_sites.py interpolate_sam.pl
fasta-sanitize.pl LICENSE
file1.sh MANUAL
hisat2 MANUAL.markdown
hisat2-2.1.0 maq2sam-long
hisat2-align-l maq2sam-short
hisat2-align-l-debug md5fa
hisat2-align-s md5sum-lite
hisat2-align-s-debug NEWS
hisat2-build novo2sam.pl
hisat2-build-l plot-ampliconstats
hisat2-build-l-debug plot-bamstats
hisat2-build-s psl2sam.pl
hisat2-build-s-debug sam2vcf.pl
hisat2_extract_exons.py samtools
hisat2_extract_snps_haplotypes_UCSC.py samtools.pl
hisat2_extract_snps_haplotypes_VCF.py scripts
hisat2_extract_splice_sites.py seq_cache_populate.pl
hisat2-inspect soap2sam.pl
hisat2-inspect-l TUTORIAL
hisat2-inspect-l-debug VERSION
hisat2-inspect-s wgsim
hisat2-inspect-s-debug wgsim_eval.pl
hisat2_simulate_reads.py zoom2sam.pl
(R4) Mar402 21:07:40 ~
$ file1.sh #直接可被当命令执行
hi!shell 参数传递 pic3
pic3
脚本传递 pic3 上部分
脚本输出 pic3 下部分
(R4) Mar402 21:15:54 ~
$ bash ~/bin/file1.sh 1>test.log 2>&1保存输出脚本输出（log）实例 pic4
建议第四种
第四种对的运行和错的运行都保存了，而且有上下文
pic4
任务提交（重点）pic5
pic5
pic5-2
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原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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