学习小组DAY3-Creep

今天学习的是linux环境下的软件安装，因为花花老师的教程特别棒，所以操作上基本没出现特别难的地方。

下载Miniconda

在Linux上安装软件需要借助一个叫CONDA的软件，这个软件和应用市场相似，但是本次安装的是MINICONDA，属于CONDA的精华版，此外还有更加强大的ANACONDA。它们之间的联系和区别是：MINICONDA=CONDA+Python+base packages，ANACONDA=MINICONDA+150 high quality packages

那么怎么把MINICONDA安装到服务器上呢？

由于CONDA在国外,这里我们需要借助镜像网站进行下载

使用的镜像网站是清华的CONDA镜像网站

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

进入镜像网站之后，看可以看到很多MINICONDA的版本，有32位的也有64位版本

在安装相应的版本前，我们需要先了解服务器的linux系统，键入uname -a命令后，就会弹出linux系统相关的信息，从以下信息可以判断服务器所使用的linux是64位的。 Linux ecm-cefa 4.15.0-137-generic #141-Ubuntu SMP Fri Feb 19 13:46:27 UTC 2021 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

接下来，我们就可以选择合适的MINICONDA进行安装，我选择的是以下版本(服务器不同，可以选择不同的版本进行安装)

后缀名有sh，pkg，exe，其中sh，pkg的文件看上去很陌生，其实sh结尾的是一个脚本，可以直接输入命令运行，pkg是可视化安装包，我的理解是sh，pkg，exe都是安装包文件，软件如果安装失败可以重新运行这些安装包文件进行安装。

在镜像网站中选择合适的安装软件后不需要点击软件直接下载(不然就下载到自己电脑上了)，只需要在浏览器中右击，复制下载链接。 Linux 中没有__Ctrl+c 复制，Ctrl+v的功能，所以我都改为右击鼠标啦

接着需要到linux命令行，进入到存放安装软件的目录，这里尝试了自动补齐功能。键入cd b后敲Tab键。可以直接显示cd biosoft/目录。然后键入wget，在wget命令后粘贴下载软件的链接，点击回车就开始下载了。下载好MINICONDA脚本之后就可以开始安装了。

安装MINICONDA

输入命令ls，查看当前下载好的脚本名称，然后输入命令bash加上脚本名称Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh敲下回车，开始进行安装，中间会出现许多要按Enter键才能继续的情况，但是一定要注意下方的提示，出现Do you accept the license terms? [yes|no]的时候一定要小心，这时需要输入yes，一旦不小心按了Enter键，就会导致服务器没办法操作，只能断开重连。

激活MINICONDA

安装成功后就需要激活MINICONDA了，输入命令source ~/.bashrc，然后再输入conda，出现满屏的信息表示成功了

开始使用MINICONDA

输入conda list可以查看服务器上安装的所有软件列表，如果需要下载软件，为了避免网速较慢的情况，我们需要使用镜像，下面是北外的镜像，将代码复制到命令行运行就配置好了。

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes}`

以下是粘贴到命令行运行的情况

(base) bio02@ecm-cefa:~$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yesWarning: 'https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/>cloud/bioconda/' already in 'channels' list, moving to the top

(base) bio02@ecm-cefa:~$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/>cloud/conda-forge/

Warning: 'https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/' already in 'channels' >list, moving to the top

(base) bio02@ecm-cefa:~$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/>pkgs/free/

Warning: 'https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/' already in 'channels' list, >moving to the top

(base) bio02@ecm-cefa:~$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/>pkgs/main/

Warning: 'https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/' already in 'channels' list, >moving to the top

(base) bio02@ecm-cefa:~$ conda config --set show_channel_urls yes

开始安装软件

配置好之后就可以安装软件了，首先安装的是fastqc软件，输入命令conda install fastqc -y就能够进行安装，安装好后，输入fastqc help，如果能查看到帮助文档则提示安装好了。

卸载软件

输入conda remove fastqc -y就可以进行卸载了。

没办法卸载，可能是服务器的关系。今天的学习就是这些啦。