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社区首页 >专栏 >Day6 呦呦鹿鸣—学习R包

Day6 呦呦鹿鸣—学习R包

原创
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用户10918035
发布2024-01-20 17:07:24
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发布2024-01-20 17:07:24
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文章被收录于专栏:生信星球学习小组

内容源自生信星球学习小组

安装和加载R包

1.镜像设置(设置国内镜像网站能加快R包的下载)

代码语言:R
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options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源

2.联网安装

包在CRANinstall.packages("包名")

包在BiocductorBiocManager::install("包名")

3.加载

library(dplyr)

以dplyr包为例

官方包的文档dplyr

示例数据

代码语言:R
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test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

取R自带的iris数据第1,2,51,52,101,103行

?iris可知其为150×5的列表

dplyr五个基础函数

1.mutate(),新增列

代码语言:R
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mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
mutate(df, z = x + y)

2.select(),按列筛选,按名称选择变量

(1)按列号筛选

代码语言:R
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select(test,1)# 筛选test数据集的第一列
iris %>% select(1:3)# 筛选iris数据集的第一到第三列

(2)按列名筛选

代码语言:R
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select(test, Petal.Length, Petal.Width)
iris %>% select(Species, Sepal.Length)

3.filter()筛选行/返回具有匹配条件的行

可以按照某分类变量的值进行数据筛选

代码语言:R
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filter(test, Species == "setosa")
starwars %>% filter(species == "Human")

4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序/按变量排列行

代码语言:R
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arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
mtcars %>% arrange(cyl, disp)

5.summarise():汇总,对数据进行汇总操作,结合group_by使用实用性强\ 将多个值减少到单个值

代码语言:R
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summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) # 计算Sepal.Length的平均值和标准差
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))  # 先按照Species分组,计算每组Sepal.Length的平均值和标准差

dplyr两个实用技能

1:管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)向右传递

代码语言:R
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test %>% group_by(Species) %>%  summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

R中的管道操作符

2:count统计某列的unique值

代码语言:R
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count(test,Species)

分类变量每个变量值的频数

dplyr处理关系数据

将2个表进行连接

1.內连inner_join,取交集

代码语言:R
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inner_join(test1, test2, by = "x")

满足两个条件:有相同变量名,相同变量名的列里有相同元素;

图中有相同变量名,但无相同元素
图中有相同变量名,但无相同元素
不写by,也能自动识别
不写by,也能自动识别

2.左连left_join

列表书写顺序决定了最终合成列表中列的顺序

代码语言:R
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left_join(test1, test2, by = 'x')
left_join(test2, test1, by = 'x')

3.全连full_join

代码语言:R
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full_join( test1, test2, by = 'x')

列表书写顺序决定了最终合成列表中列的顺序,每列数值的类型必须相同;以"by"的列为标准,补齐列表,空值为"NA"

4.半连接:返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join

交集表中test1部分的列

代码语言:R
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semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')

5.反连接:返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join

test1中去除交叉部分的列表

代码语言:R
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anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')

6.简单合并

代码语言:R
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bind_rows(test1,test2)函数需要两个表格列数相同
bind_cols(test1,test2)函数则需要两个数据框有相同的行数

思维导图

生信星球打卡任务,菜鸟一枚,如有错误内容,欢迎评论区指正

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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            • 将2个表进行连接
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            • 2.左连left_join
            • 3.全连full_join
            • 4.半连接:返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join
            • 5.反连接:返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join
            • 6.简单合并
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