我得到了一个奇怪的行为,我的简单MPI程序。我花了一些时间自己寻找答案,但我做不到。我在这里提出了一些问题,比如OpenMPI MPI_Barrier problems,MPI_SEND stops working after MPI_BARRIER,Using MPI_Bcast for MPI communication。我在mpitutorial上发布了MPI教程。我的程序只是修改从根进程广播的数组,然后将修改后的数组收集到一个数组中并打印出来。所以,问题是,当我将下面列出的代码与未注释的MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD)一起使用时,我会得到一个错误。
#include "mpi/mpi.h"
#define N 4
void transform_row(int* row, const int k) {
for (int i = 0; i < N; ++i) {
row[i] *= k;
}
}
const int root = 0;
int main(int argc, char** argv) {
MPI_Init(&argc, &argv);
int rank, ranksize;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &ranksize);
if (rank == root) {
int* arr = new int[N];
for (int i = 0; i < N; ++i) {
arr[i] = i * i + 1;
}
MPI_Bcast(arr, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);
}
int* arr = new int[N];
MPI_Bcast(arr, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);
//MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
transform_row(arr, rank * 100);
int* transformed = new int[N * ranksize];
MPI_Gather(arr, N, MPI_INT, transformed, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);
if (rank == root) {
for (int i = 0; i < ranksize; ++i) {
for (int j = 0; j < N ; j++) {
printf("%i ", transformed[i * N + j]);
}
printf("\n");
}
}
MPI_Finalize();
return 0;
}
错误来自于线程数> 1。错误:
PMPI_Barrier中出现致命错误:消息被截断,错误堆栈: PMPI_Barrier(425)...................:MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD)失败
MPIR_Barrier_impl(332)..............:集合过程中失败
MPIR_Barrier_impl(327)..............:
MPIR_Barrier(292)...................:
MPIR_Barrier_intra(150).............:
barrier_smp_intra(111)..............:
MPIR_Bcast_impl(1452)...............:
MPIR_Bcast(1476)....................:
MPIR_Bcast_intra(1287)..............:
MPIR_Bcast_binomial(239)..........:
MPIC_Recv(353)......................:
MPIDI_CH3U_Request_unpack_uebuf(568):消息被截断;已收到16字节,但缓冲区大小为1
我知道buffer存在一些问题,但当我使用MPI_buffer_attach将大的buffer附加到MPI时,它并没有帮助。
看起来我需要增加这个缓冲区,但是我现在不知道该怎么做。
XXXXXX@XXXXXXXXX:~/test_mpi$ mpirun -版本
HYDRA构建详细信息:
Version: 3.2
Release Date: Wed Nov 11 22:06:48 CST 2015
所以请帮帮我。
发布于 2018-06-03 07:22:10
一个问题是root
等级调用MPI_Bcast()
两次,但其他等级只调用一次。然后root
rank使用未初始化的arr
。
MPI_Barrier()
可能只会隐藏问题,但不能解决问题。
此外,请注意,如果N
“足够大”,那么由root
rank调用的第二个MPI_Bcast()
可能会挂起。
以下是如何修改初始化/广播阶段来解决这些问题。
int* arr = new int[N];
if (rank == root) {
for (int i = 0; i < N; ++i) {
arr[i] = i * i + 1;
}
MPI_Bcast(arr, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);
注在这种情况下,您可以简单地在所有队列上初始化arr
,因此您甚至不需要广播阵列。
作为附注,MPI程序通常
#include <mpi.h>
然后使用mpicc
进行编译/链接(这是一个包装器,它在设置包含/库路径并使用MPI库之后调用真正的编译器)
https://stackoverflow.com/questions/50660554
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