使用MPI屏障导致致命错误
我得到了一个奇怪的行为，我的简单MPI程序。我花了一些时间自己寻找答案，但我做不到。我在这里提出了一些问题，比如OpenMPI MPI_Barrier problems，MPI_SEND stops working after MPI_BARRIER，Using MPI_Bcast for MPI communication。我在mpitutorial上发布了MPI教程。我的程序只是修改从根进程广播的数组，然后将修改后的数组收集到一个数组中并打印出来。所以，问题是，当我将下面列出的代码与未注释的MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD)一起使用时，我会得到一个错误。
#include "mpi/mpi.h"
#define N 4
void transform_row(int* row, const int k) {
for (int i = 0; i < N; ++i) {
row[i] *= k;
}
}
const int root = 0;
int main(int argc, char** argv) {
MPI_Init(&argc, &argv);
int rank, ranksize;
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &ranksize);
if (rank == root) {
int* arr = new int[N];
for (int i = 0; i < N; ++i) {
arr[i] = i * i + 1;
}
MPI_Bcast(arr, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);
}
int* arr = new int[N];
MPI_Bcast(arr, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);
//MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
transform_row(arr, rank * 100);
int* transformed = new int[N * ranksize];
MPI_Gather(arr, N, MPI_INT, transformed, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);
if (rank == root) {
for (int i = 0; i < ranksize; ++i) {
for (int j = 0; j < N ; j++) {
printf("%i ", transformed[i * N + j]);
}
printf("\n");
}
}
MPI_Finalize();
return 0;
}错误来自于线程数> 1。错误：
PMPI_Barrier中出现致命错误:消息被截断，错误堆栈: PMPI_Barrier(425)...................：MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD)失败
MPIR_Barrier_impl(332)..............：集合过程中失败
MPIR_Barrier_impl(327)..............：
MPIR_Barrier(292)...................：
MPIR_Barrier_intra(150).............：
barrier_smp_intra(111)..............：
MPIR_Bcast_impl(1452)...............：
MPIR_Bcast(1476)....................：
MPIR_Bcast_intra(1287)..............：
MPIR_Bcast_binomial(239)..........：
MPIC_Recv(353)......................：
MPIDI_CH3U_Request_unpack_uebuf(568)：消息被截断；已收到16字节，但缓冲区大小为1
我知道buffer存在一些问题，但当我使用MPI_buffer_attach将大的buffer附加到MPI时，它并没有帮助。
看起来我需要增加这个缓冲区，但是我现在不知道该怎么做。
XXXXXX@XXXXXXXXX:~/test_mpi$ mpirun -版本
HYDRA构建详细信息：
Version: 3.2
Release Date: Wed Nov 11 22:06:48 CST 2015所以请帮帮我。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-06-03 07:22:10
一个问题是root等级调用MPI_Bcast()两次，但其他等级只调用一次。然后root rank使用未初始化的arr。
MPI_Barrier()可能只会隐藏问题，但不能解决问题。
此外，请注意，如果N“足够大”，那么由root rank调用的第二个MPI_Bcast()可能会挂起。
以下是如何修改初始化/广播阶段来解决这些问题。
int* arr = new int[N];
if (rank == root) {
for (int i = 0; i < N; ++i) {
arr[i] = i * i + 1;
}
MPI_Bcast(arr, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);注在这种情况下，您可以简单地在所有队列上初始化arr，因此您甚至不需要广播阵列。
作为附注，MPI程序通常
#include <mpi.h>然后使用mpicc进行编译/链接(这是一个包装器，它在设置包含/库路径并使用MPI库之后调用真正的编译器)
https://stackoverflow.com/questions/50660554
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