sed & regex表达式
sed & regex表达式
提问于 2018-06-01 22:00:09
我试图在不存在的行中添加一个'chr‘字符串。此操作仅在没有'##‘的行中是必需的。首先，我使用grep + sed命令，如下所示，但我希望运行该命令来覆盖原始文件。
grep -v "^#" 5b110660bf55f80059c0ef52.vcf | grep -v 'chr' | sed 's/^/chr/g'因此，要在文件中运行该命令，我编写以下代码：
sed -i -E '/^#.*$|^chr.*$/ s/^/chr/' 5b110660bf55f80059c0ef52.vcf这是vcf文件的内容。
##FORMAT=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description="#ref plus strand,#ref minus strand, #alt plus strand, #alt minus strand">
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT 24430-0009S21_GM17-12140
1 955597 95692 G T 1382 PASS VARTYPE=1;BGN=0.00134309;ARL=150;DER=53;DEA=55;QR=40;QA=39;PBP=1091;PBM=300;TYPE=SNP;DBXREF=dbSNP:rs115173026,g1000:0.2825,esp5400:0.2755,ExAC:0.2290,clinvar:rs115173026,CLNSIG:2,CLNREVSTAT:mult,CLNSIGLAB:Benign;SGVEP=AGRN|+|NM_198576|1|c.45G>T|p.:(p.Pro15Pro)|synonymous GT:DP:AD:DP4 0/1:125:64,61:50,14,48,13
chr1 957898 82729935 G T 1214 off_target VARTYPE=1;BGN=0.00113362;ARL=149;DER=50;DEA=55;QR=38;QA=40;PBP=245;PBM=978;NVF=0.53;TYPE=SNP;DBXREF=dbSNP:rs2799064,g1000:0.3285;SGVEP=AGRN|+|NM_198576|2|c.463+56G>T|.|intronic GT:DP:AD:DP4 0/1:98:47,51:9,38,10,41回答 3
Stack Overflow用户
发布于 2018-06-01 22:56:47
如果我知道您的预期结果是什么，请尝试：
sed -ri '/^(#|chr)/! s/^/chr/' fileStack Overflow用户
发布于 2018-06-01 22:27:04
这可以通过一次sed调用来完成。脚本本身类似于以下内容。
如果你有一个格式的输入
$ echo -e '#\n#\n123chr456\n789chr123\nabc'
#
#
123chr456
789chr123
abc然后，将chr预先添加到未注释的无chr行，如下所示
$ echo -e '#\n#\n123chr456\n789chr123\nabc' | sed '/^#/ {p
d
}
/chr/ {p
d
}
s/^/chr/'哪种打印
#
#
123chr456
789chr123
chrabc(请注意多行sed脚本。)
现在，您只需要在文件上就地运行此脚本(在现代sed版本中为-i)。
Stack Overflow用户
发布于 2018-06-01 22:55:50
您的问题不清楚，并且您没有提供预期的输出，因此我们无法测试潜在的解决方案，但是如果您想要的只是将chr添加到尚未出现且不以#开头的行的开头，那么只需：
awk '!/^(#|chr)/{$0="chr" $0} 1' file要使用GNU awk覆盖原始文件，请执行以下操作：
awk -i inplace '!/^(#|chr)/{$0="chr" $0} 1' file和任何awk：
awk '!/^(#|chr)/{$0="chr" $0} 1' file > tmp && mv tmp file页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/50645124
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