使用正则表达式批量重命名*fastq.gz文件
使用正则表达式批量重命名*fastq.gz文件
提问于 2018-06-27 00:25:47
我正在尝试让正则表达式与rename一起工作；我在这里尝试了类似的回答问题的方法，但无法获得我想要的结果。
这些文件的命名方式如下：
SR1_S90_L001_R1_001.fastq.gz
SR1_S90_L001_R2_001.fastq.gz
Rinc_S96_L001_R1_001.fastq.gz
Rinc_S96_L001_R2_001.fastq.gz我只想保留第一个下划线和_R1_或_R2_标记之前的信息，如下所示：
SR1_R1_.fastq.gz
SR1_R2_.fastq.gz
Rinc_R1_.fastq.gz
Rinc_R2_.fastq.gz回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2018-06-27 03:42:58
rename 's{^([^._]+)_[^.]*(_R[12]_)[^.]*}{$1$2}' *其思想是匹配(并捕获)字符串的第一部分(1个或多个非.或_的字符)，然后是_和0个或多个非.字符，然后是_R1_或_R2_ (我们也捕获这一部分)，然后是0个或多个非.字符。
这应该匹配文件名的第一部分(在.之前)，并将其替换为第一个和第二个捕获的子字符串，即第一个_和R1/R2标记之前的所有内容。
Stack Overflow用户
发布于 2018-06-27 02:59:06
以下代码在当前目录中执行所需的重命名操作：
opendir DIR, '.';
for (readdir DIR) {
/^([^_]+).*(_(?:R1|R2)_)[^_]+(\.fastq\.gz)$/ or next;
rename $_, "$1$2$3";
}页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/51047543
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