R从Graphpad Prism导入XML
R从Graphpad Prism导入XML
提问于 2014-08-26 20:41:43
我正在尝试从原则上为.xml文件的Graphpad Prism .pzfx文件导入原始数据。我拿出了大部分棱镜特定的东西，只留下了我感兴趣的那部分。
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<GraphPadPrismFile xmlns="http://graphpad.com/prism/Prism.htm" PrismXMLVersion="5.00">
<TableSequence Selected="1">
<Ref ID="Table0" Selected="1"/>
</TableSequence>
<Table ID="Table0" XFormat="error" YFormat="replicates" Replicates="1" TableType="XY" EVFormat="AsteriskAfterNumber">
<Title>Data 1</Title>
<XColumn Width="162" Decimals="0" Subcolumns="1">
<Title>X</Title>
<Subcolumn>
<d>1</d>
<d>2</d>
<d>3</d>
<d>4</d>
<d>5</d>
</Subcolumn>
</XColumn>
<YColumn Width="81" Decimals="4" Subcolumns="1">
<Title>ML</Title>
<Subcolumn>
<d>120</d>
<d>100</d>
<d>5</d>
<d>0</d>
<d>1.5</d>
</Subcolumn>
</YColumn>
<YColumn Width="81" Decimals="4" Subcolumns="1">
<Title>MH</Title>
<Subcolumn>
<d>10</d>
<d>560</d>
<d>665</d>
<d>40</d>
<d>31.5</d>
</Subcolumn>
</YColumn>
<YColumn Width="81" Decimals="6" Subcolumns="1">
<Title>MH2</Title>
<Subcolumn>
<d>1.20</d>
<d>100</d>
<d>5</d>
<d>0</d>
<d>1.5</d>
</Subcolumn>
</YColumn>
<YColumn Width="81" Decimals="6" Subcolumns="1">
<Title>MH1</Title>
<Subcolumn>
<d>120</d>
<d>100</d>
<d>5</d>
<d>0</d>
<d>1.5</d>
</Subcolumn>
</YColumn>
</Table>
</GraphPadPrismFile>据我所知，我有一个节点表，它同样有XColumn和YColumn节点，这两个节点既有标题又有子列节点。这些数据包含我想要转换成R-data.frame的原始数据。
到目前为止，我已经成功地导入了一个文件：(YColumn是上述文件的路径)
xData <- xmlParse(file)
xData.rt <- xmlRoot(xData)
xmlToDataFrame(xData.rt[["Table"]][["YColumn"]][["Subcolumn"]])这给了我作为data.frame的第一个YColumn：
text
1 120
2 100
3 5
4 0
5 1.5有没有一个(也许也更简单？)将所有X和Y列导入到一个data.frame中的方法？
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2014-08-26 21:29:03
这里有一些想法..。
这将查找所有XColumn和YColumn节点：
columns = xpathSApply(xData,"//ns:XColumn|//ns:YColumn",
namespaces=c(ns="http://graphpad.com/prism/Prism.htm"))然后，给定其中之一，这将获得标题和值：
> xpathSApply(columns[[2]],".//ns:Title",
namespaces=c(ns="http://graphpad.com/prism/Prism.htm"),xmlValue)
[1] "ML"
> xpathSApply(columns[[2]],".//ns:d",
namespaces=c(ns="http://graphpad.com/prism/Prism.htm"),xmlValue)
[1] "120" "100" "5" "0" "1.5"您可以通过检查某个对象的xmlName来判断它是XColumn还是YColumn
> xmlName(columns[[1]])
[1] "XColumn"
> xmlName(columns[[2]])
[1] "YColumn"这可能是足够的构造工具包。在columns上循环，并使用cbind堆叠这些值……
显然，基于字符的数字需要使用as.numeric进行转换，我不太确定您希望如何组合XColumn和YColumn值，因为XColumn值少了一个……
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/25506099
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