如何计算生物密码子使用偏向(RSCU)
如何计算生物密码子使用偏向(RSCU)
提问于 2018-02-01 11:42:07
我希望使用模块CodonUsage计算给定序列的RSCU值。在CodonUsage (here)的源代码中，RSCU值是在函数generate_index中计算的，该函数位于类CodonAdaptionIndex中(在第101行计算出的RSCU值)。如何访问generate_index？另外，我如何让我的脚本访问我的序列(到目前为止，它们在.txt上是FASTA格式的)。
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发布于 2018-02-01 21:25:24
您可以像这样导入函数并生成一个CodonAdaptionIndex对象来访问该函数：
from Bio.SeqUtils import CodonUsage as CU
myIndex = CU.CodonAdaptationIndex()
myIndex.generate_index("/path/to/myFastaFile")从文档中看，FASTA格式的文件可以很好地使用。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/48554986
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