python-xarray:沿二维连接的open_mfdataset
python-xarray:沿二维连接的open_mfdataset
提问于 2017-11-29 12:38:18
我有10个合奏和35个时间文件组成的文件。其中一个文件如下所示：
>>> xr.open_dataset('ens1/CCSM4_ens1_07ic_19820701-19820731_NPac_Jul.nc')
<xarray.Dataset>
Dimensions: (ensemble: 1, latitude: 66, longitude: 191, time: 31)
Coordinates:
* ensemble (ensemble) int32 1
* latitude (latitude) float32 0.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 ...
* longitude (longitude) float32 100.0 101.0 102.0 103.0 104.0 105.0 106.0 ...
* time (time) datetime64[ns] 1982-07-01 1982-07-02 1982-07-03 ...
Data variables:
u10m (time, latitude, longitude) float64 -1.471 -0.05933 -1.923 ...
Attributes:
CDI: Climate Data Interface version 1.6.5 (http://c...
history: Wed Nov 22 21:54:08 2017: ncks -O -d longitude...
Conventions: CF-1.4
CDO: Climate Data Operators version 1.6.5 (http://c...
nco_openmp_thread_number: 1
NCO: 4.3.7当我使用open_mfdataset时，文件沿着时间维度连接，而集成维度被删除(可能是因为它的大小为1)？
>>> xr.open_mfdataset('ens*/*NPac*.nc')
<xarray.Dataset>
Dimensions: (latitude: 66, longitude: 191, time: 10850)
Coordinates:
* latitude (latitude) float32 0.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 ...
* longitude (longitude) float32 100.0 101.0 102.0 103.0 104.0 105.0 106.0 ...
* time (time) datetime64[ns] 1982-07-01 1982-07-02 1982-07-03 ...
Data variables:
u10m (time, latitude, longitude) float64 -1.471 -0.05933 -1.923 ...我不确定是否有可能沿着合奏维度进行连接？
我使用这里给出的Error on using xarray open_mfdataset function使用merge做了一个简单的测试，但它失败了：
>>> ds = xr.open_mfdataset('ens1/*NPac*')
<xarray.Dataset>
Dimensions: (ensemble: 1, latitude: 66, longitude: 191, time: 1085)
Coordinates:
* ensemble (ensemble) int32 1
* latitude (latitude) float32 0.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 ...
* longitude (longitude) float32 100.0 101.0 102.0 103.0 104.0 105.0 106.0 ...
* time (time) datetime64[ns] 1982-07-01 1982-07-02 1982-07-03 ...
Data variables:
u10m (time, latitude, longitude) float64 -1.471 -0.05933 -1.923 ...
>>> ds2 = xr.open_mfdataset('ens2/*NPac*')
<xarray.Dataset>
Dimensions: (ensemble: 1, latitude: 66, longitude: 191, time: 1085)
Coordinates:
* ensemble (ensemble) int32 2
* latitude (latitude) float32 0.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 ...
* longitude (longitude) float32 100.0 101.0 102.0 103.0 104.0 105.0 106.0 ...
* time (time) datetime64[ns] 1982-07-01 1982-07-02 1982-07-03 ...
Data variables:
u10m (time, latitude, longitude) float64 3.992 2.099 -0.3162 ...
>>> ds3 = xr.merge([ds, ds2])
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/nethome/rxb826/local/bin/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/xarray/core/merge.py", line 513, in merge
variables, coord_names, dims = merge_core(dict_like_objects, compat, join)
File "/nethome/rxb826/local/bin/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/xarray/core/merge.py", line 432, in merge_core
variables = merge_variables(expanded, priority_vars, compat=compat)
File "/nethome/rxb826/local/bin/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/xarray/core/merge.py", line 166, in merge_variables
merged[name] = unique_variable(name, variables, compat)
File "/nethome/rxb826/local/bin/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/xarray/core/merge.py", line 85, in unique_variable
% (name, out, var))
xarray.core.merge.MergeError: conflicting values for variable 'u10m' on objects to be combined:
first value: <xarray.Variable (time: 1085, latitude: 66, longitude: 191)>
dask.array<shape=(1085, 66, 191), dtype=float64, chunksize=(31, 66, 191)>
Attributes:
long_name: 10m U component of wind
units: m s**-1
second value: <xarray.Variable (time: 1085, latitude: 66, longitude: 191)>
dask.array<shape=(1085, 66, 191), dtype=float64, chunksize=(31, 66, 191)>
Attributes:
long_name: 10m U component of wind
units: m s**-1我使用的是v0.10.0 (感谢您最近的更新！)
回答 3
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2017-11-30 00:34:07
xarray.open_mfdataset不支持2d合并。您需要做的是在第二个维度上使用concat：
import os
import xarray as xr
ens_list = []
for num in range(1, 11):
ens = 'ens%d' % num
ens_list.append(xr.open_mfdataset(os.path.join(ens, '*NPac*')))
ds = xr.concat(ens_list, dim='ensemble')这是xarray用户经常遇到的问题。然而，编写一个通用的ND concat例程是相当困难的。
Stack Overflow用户
发布于 2018-08-04 03:25:53
我编写了以下函数作为我自己用例的变通方法：https://gist.github.com/jnhansen/fa474a536201561653f60ea33045f4e2
它可以处理任意维度，但目前要求每个文件/数据集中都存在相同的变量。
在我的例子中，我有许多磁贴(例如，拆分lat、lon和time)：
ds = auto_merge('data/part*.nc')
这将立即执行，因为它只返回数据的一个视图(就像xarray.open_mfdataset一样)。
Stack Overflow用户
发布于 2019-12-17 23:40:04
xarray现在支持N-D连接。由于您的数据具有一维维度坐标，因此您可以简单地执行以下操作
ds = xr.open_mfdataset('ens*/*NPac*.nc', combine='by_coords')它应该自动地将它们组合在一起！它甚至应该适用于ensemble维度，因为您也为其指定了坐标。
另请参阅this answer来回答一个非常类似的问题。
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