如何运行循环修剪fastq文件？
如何运行循环修剪fastq文件？
提问于 2018-10-11 01:34:34
我在tmux上的data / raw_data文件夹中有多个fastq文件。我想对这些文件运行一个forloop并根据它们的质量分数修剪序列。我有以下命令进行修剪，但我不知道如何在for循环中使用它。任何人都可以帮我修改下面的命令，以便它以forloop格式运行。谢谢！
#code
TrimmomaticSE -threads 2 -phred33 data/raw_data/ERR1942280.fastq \
data/trimmed/$(basename -s .fastq ERR1942280.fastq).trim.fastq LEADING:5 \
TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:8:25 MINLEN:150
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-10-11 10:37:10
是的，这是bash命令，我们称之为trimmomatic.sh：
#!/usr/bin/env bash
input_dir=$1 # this should be the path to your fastq files
cd $input_dir
for file in $(ls $input_dir) # file is the variable that will be all your fastqs
do
TrimmomaticSE -threads 2 -phred33 ${file} $(basename -s .fastq ${file}).trim.fastq LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:8:25 MINLEN:150
done
要从命令行运行：
./trimmomatic.sh /path/to/fastqs
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/-100002879
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