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社区首页 >问答首页 >如何运行循环修剪fastq文件?

如何运行循环修剪fastq文件?
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Stack Overflow用户
提问于 2018-10-11 01:34:34
回答 1查看 0关注 0票数 0

我在tmux上的data / raw_data文件夹中有多个fastq文件。我想对这些文件运行一个forloop并根据它们的质量分数修剪序列。我有以下命令进行修剪,但我不知道如何在for循环中使用它。任何人都可以帮我修改下面的命令,以便它以forloop格式运行。谢谢!

代码语言:javascript
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#code
TrimmomaticSE -threads 2 -phred33 data/raw_data/ERR1942280.fastq \
data/trimmed/$(basename -s .fastq ERR1942280.fastq).trim.fastq LEADING:5 \
TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:8:25 MINLEN:150
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回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2018-10-11 10:37:10

是的,这是bash命令,我们称之为trimmomatic.sh:

代码语言:javascript
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#!/usr/bin/env bash

input_dir=$1 # this should be the path to your fastq files
cd $input_dir

for file in $(ls $input_dir) # file is the variable that will be all your fastqs
do
    TrimmomaticSE -threads 2 -phred33 ${file} $(basename -s .fastq ${file}).trim.fastq LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:8:25 MINLEN:150
done

要从命令行运行:

代码语言:javascript
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./trimmomatic.sh /path/to/fastqs
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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/-100002879

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