如何使用samtools C API构建简单的main.cpp文件
我正在尝试(在Linux上，使用G++)使用samtools C API (https://github.com/samtools/samtools)编译一个简单的main.cpp程序，该程序已经下载到我的main.cpp文件的文件夹中。我希望有一个非常简单的makefile编译main.cpp (并最终编译samtools代码)。然而，由于我对makefile知之甚少，我可能做错了什么。
这是我的makefile：
SAMTOOLS=./samtools/
HTSLIB=${SAMTOOLS}htslib-1.9/
all: samtools htslib BAMCoverage
samtools:
${MAKE} -C ${SAMTOOLS}
htslib:
${MAKE} -C ${HTSLIB}
BAMCoverage: main.cpp
g++ -I./ -I${SAMTOOLS} -I${HTSLIB} -g -O2 -Wall ./main.cpp -o ./BAMCoverage -lz -L${SAMTOOLS} -L${HTSLIB} -lbam -lhts下面是我的cpp main：
#include "samtools/sam.h"
#include <string>
#include <iostream>
using namespace std;
int main (int argc, char *argv[]) {
string bam_file_path ("myfile.bam");
bamFile bam_file = bam_open (bam_file_path.c_str (), "rb");
if (bam_file == 0) {
cerr << "Failed to open BAM file " << bam_file_path << endl;
return 1;
}
bam_close (bam_file);
return 0;
}当我运行"make“时，它编译时没有任何警告，但在运行时，它告诉我：”加载共享库时出错: libhts.so.2无法打开共享目标文件“
任何帮助都非常受欢迎！提前谢谢。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-10-22 01:44:09
这不是makefile本身的问题；您的makefile有一些问题，但您遇到的问题是理解如何正确地链接共享库。换句话说，如果您从shell命令行运行相同的命令集，而不是使用makefile，您将会遇到相同的问题。
您应该查找有关链接命令行选项-L的文档，并阅读链接时和运行时库位置之间的差异。
-lfoo选项将告诉链接器链接到名为foo的库中。-Lsome/dir选项将告诉链接器在目录some_dir中查找库foo。
如果链接器找到一个静态库libfoo.a，那么该库中用于链接程序的任何部分都将直接包含到程序中。这会使您的程序变得更大，但这意味着在运行时，除了您的程序之外，没有什么需要找到的。
如果链接器找到一个共享库(也称为动态库) libfoo.so，那么链接器只是将一个库名为libfoo.so的引用放到您的程序中(当然，细节要比这个复杂得多，但这是一般的想法)。这会使你的程序变得更小，但这意味着在运行时不仅需要你的程序，还需要共享库，否则你的程序就不能运行。
这称为运行时链接，用于在启动程序时解析所有这些共享引用的程序称为运行时链接器。出于非常好的原因，编译时链接器放入程序中的引用只列出了库的名称，而不是库的完整路径。这意味着运行时链接器需要知道在哪里查找共享库。
运行时链接器查看各种地方，可以通过阅读其文档来了解；例如，在GNU/Linux上，运行时链接器称为ld.so，因此您可以使用man ld.so阅读文档。
这是一个复杂的主题，最好的方法很大程度上取决于您的需求和要求。
如果只想硬编码编译/链接时要查看的路径，可以在链接行中添加一个-Rsome/dir选项，每个-L选项对应一个选项，如下所示：
BAMCoverage: main.cpp
g++ -I./ -I${SAMTOOLS} -I${HTSLIB} -g -O2 -Wall ./main.cpp -o ./BAMCoverage -lz -L${SAMTOOLS} -L${HTSLIB} -R${SAMTOOLS} -R${HTSLIB} -lbam -lhts只要SAMTOOLS和HTSLIB目录存在并且其中仍然包含正确的共享库，就可以很好地工作。显然，这是一个很大的限制，但我们无法猜测您的最终需求是什么。
https://stackoverflow.com/questions/52915853
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